2002年我国政府正式提出要构建新型农村合作医疗制度,旨在保护全国广大农民的生命健康,提高农民的生活质量,完善农村医疗保障制度。新型农村合作医疗制度是社会保障制度的重要组成部分,其不仅关乎到老百姓的生命健康,也影响到经济社会的持续健康发展和贫富差距的进一步拉大。新型农村合作医疗制度为解决农民“因病致贫、因病返贫”的问题提供了新的契机,特别是为贫困人口较多的地区注入了新的活力。自2003年国家实施新型农村合作医疗制度以来,新疆应开展新型农村合作医疗保障的89个县(区)已实现全面覆盖,覆盖农牧业人口约达1000多万。新疆地区的新型农村合作医疗在经过了一系列的试点工作后,在维护农民权益方面取得了一致好评,切实为农民减轻了经济负担,解决了新疆农民长期普遍面临的医疗困境,为新疆整个经济社会发展注入了新的活力。但是,新疆新型农村合作医疗制度在具体运行中也出现了不少问题。基于对新疆新型农村合作医疗制度的立法现状、运行状况和必要性分析,本文认真梳理了其当前存在的主要问题并深入剖析了成因：(1)政府对新疆新型农村合作医疗制度的支持力度不够；(2)新疆新型农村合作医疗保障对象缺乏保护力；(3)新疆新型农村合作医疗制度内容不完善；(4)新疆新型农村合作医疗制度缺乏有效的监管机制。为进一步完善新疆新型农村合作医疗制度,促进新疆经济社会持续健康发展,本文在有选择性地借鉴国外先进经验基础上,对新疆新型农村合作医疗制度进行了优化设计：(1)明确政府对新型农村合作医疗制度的责任；(2)加大政府对新型农村合作医疗保障对象的保护力度；(3)丰富农村合作医疗制度的内容；(4)建立健全农村合作医疗制度的监管机制。