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目的:以肝内胆管细胞癌RBE细胞株为研究对象,通过比较NCAM+c-Kit+RBE与NCAM-c-Kit-RBE的全基因组表达差异,并对差异基因进行归类,从中筛选出与干细胞信号通路相关的差异基因,并进一步证明NCAM+c-Kit+RBE的肝脏祖细胞特性,从而揭示肝内胆管癌发生、发展的内在分子机制,为肝内胆管癌的靶向治疗提供新的实验依据。方法:培养RBE细胞株,用免疫磁珠抗体分选标记法分选出NCAM+c-Kit+RBE与NCAM-c-Kit-RBE亚群,采用Agilent人全基因组表达谱芯片对NCAM+c-Kit+RBE与NCAM-c-Kit-RBE进行检测,得到全基因组的差异表达基因,之后通过SAS分析系统,筛选出两者间干细胞信号通路的差异表达基因,进一步采用RT-PCR技术验证芯片结果。结果:1.芯片筛选出NCAM+c-Kit+RBE与NCAM-c-Kit-RBE亚群之间的差异基因共7270条[变化倍数(foldchange,fc)≥2或fc≤0.5],与NCAM-c-Kit-RBE相比,NCAM+c-Kit+RBE上调基因3572条,下调基因3698条。2.SAS分析系统筛选出与干细胞信号通路相关差异基因共421条(fc≥2或fc≤0.5),与NCAM-c-Kit-RBE相比,NCAM+c-Kit+RBE上调基因231条,下调基因190条。3.RT-PCR结果显示hedgehog信号通路中,NCAM+c-Kit+RBE与NCAM-c-Kit-RBE相比,Smo表达量高(t=17.17,P<0.001);Gli2表达量高(t=10.59,P<0.001);Ptch1表达量低(t=2.76,P<0.05),差异有统计学意义;Shh差异无统计学意义(t=-2.183,P<0.05)。结论:1.高通量芯片能够筛选出NCAM+c-Kit+RBE与NCAM-c-Kit-RBE大量的差异基因,SAS分析系统能进一步分析与干细胞信号通路相关的差异基因。2.NCAM+c-Kit+RBE比NCAM-c-Kit-RBE亚群更高地表达异常激活的hedgehog干细胞信号通路。