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RNA(核糖核酸)在生物系统内是比较重要的分子之一,它在生物体内执行了多种功能。非编码RNA（noncoding RNA，ncRNA）是指不能翻译成蛋白的RNA，近些年来它一直是人类基因组学研究的重点。目前已经知道了很多非编码RNA的一级信息序列，但是它们的结构尚未清楚，这就限制了对它们的生物意义的了解。因此，深入研究非编码RNA并对它们的二级结构和三级结构进行预测是非常有必要的，而且有重要意义。 为了研究非编码RNA的三级结构，我们选取了多个有代表性的非编码RNA作为研究对象，包括端粒酶的CR4/5，H19 RNA，HULC RNA,HOTAIRRNA以及MALAT RNA。端粒酶的CR4/5与蛋白亚基TRBD的相互结合在大多数真核动物中都普遍存在，为了理解这种相互作用的关系，本文利用 RNA三级结构预测方法3dRNA和3dRPC对CR4/5区域进行了结构预测和分析，这为进一步研究CR4/5区域结合前后构象变化提供帮助。另一方面已有研究证明，非编码RNA的表达异常或者突变和很多疾病、肿瘤有密切的关系。本文选取了几个有代表性的与疾病有关的非编码RNA进行二级结构和三级结构的预测。这些RNA与疾病的关系是：H19 RNA可能是致癌因子；HULC RNA可以作为肝癌的特异性标志；HOTAIRRNA在肿瘤细胞中的高表达会促进肿瘤的恶化；此外，HOTAIR RNA也是乳腺癌的重要指标，而且在四大肠癌中的表达高于正常水平；MALAT RNA和诸多恶性肿瘤都有关，例如肺癌、子宫内膜癌、结直肠癌等，而且它可能与神经元构建突触的蛋白有关。本文对这些RNA进行了功能的归纳以及二级结构和三级结构的预测。 最后，本文也在RNA三级结构预测方法3dRNA改进方面进行了工作，主要是对本课题组提出的新的RNA三级结构评估函数3dRNAscore进行了测试，并和当前国际上通用的其他几个评估函数进行了对比。结果表明3dRNAscore要比国际上现有的评估函数要好。