基于microRNA相关基因组学的胰腺癌肝转移预测模型的开发

来源 :中国人民解放军海军军医大学 | 被引量 : 0次 | 上传用户:birdlay
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胰腺癌(Pancreatic cancer,PC)恶性程度高,早期诊断困难,预后极差。约80%-85%的患者在疾病晚期或者出现转移相关症状后才获得诊治。其中,绝大多数患者在诊断时已发生了肝转移,失去了手术切除的最佳时期。此外,超过60%的患者在肿瘤切除术后的两年内复发并伴有肝转移。可见肝转移在胰腺癌患者中很常见,并且与预后不良相关。但目前仍缺乏早期诊断胰腺癌肝转移的有效方法,现有的成像方法无法检测到肝脏微转移病灶。影像学检查(如MRI、增强CT)是术前判断胰腺癌肝转移最为常用的方式,但对微小转移灶的敏感性仍欠佳,很多有肝脏微转移扩散的患者出现了漏诊,在临床应用中效果仍不够理想,因此迫切需要一些敏感性更高的手段来早期检测胰腺癌肝转移的患者,例如,采用高通量测序的方法检测组织中的基因组,开发潜在的分子生物标志物,以克服基于影像学诊断方法的缺陷,在疾病早期预测胰腺癌患者发生肝转移的风险,提高肝转移的早诊率,以便尽早干预治疗,提高患者的生存预后。多项研究认为胰腺癌的预后与microRNA(miRNA)调节的表观遗传学改变有关,其异常表达在胰腺癌细胞的起始、增殖、诱导上皮间质转化(Epithelial-mesenchymal transition,EMT)、转移和化学耐药性中起重要作用,提示了miRNA或许能作为胰腺癌肝转移的诊断工具。miRNA是参与癌症发生发展的小型非编码RNA,可以通过抑制翻译来沉默特定的靶基因,1个miRNA可以结合多达1000个不同的靶基因,从而对细胞功能发挥强大的调节作用。此外,根据靶基因和细胞类型,miRNA可以通过改变癌基因和肿瘤抑制基因的表达,从而对肿瘤进展产生不同的影响。由于miRNA具有很强的抗降解能力,在组织、血浆和体液(如血清、尿液和母乳)中均可检测到miRNA的稳定表达,因此它们被认为是一种强大的诊断工具,但它们在胰腺癌肝转移中的作用尚未得到广泛研究。对miRNA相关基因组学的分析研究或许能为胰腺癌伴肝转移患者的诊断提供更加便捷高效的新方法,为治疗提供新的潜在靶点。第一部分:小RNA测序分析在肝转移组与非肝转移组的胰腺癌组织中差异表达的miRNA目的:探索在胰腺癌肝转移组与非肝转移组的胰腺癌组织中差异表达的miRNA。方法:取20例在超声内镜引导下细针穿刺抽吸术(Endoscopic ultrasound-guided fine-needle aspiration,EUS-FNA)获得的胰腺癌组织作为本研究的发现队列,其中10例伴肝转移,10例不伴肝转移,进行高通量小RNA测序,评估两组间患者的组织样本之间miRNA的差异表达谱,并对靶基因进行GO功能富集与KEGG信号通路富集分析。结果:通过小RNA测序分析检测到61个有统计学意义的差异表达的miRNA,在胰腺癌肝转移组的组织中有32个miRNA显著性表达上调,29个miRNA显著性表达下调,其中32个显著性表达上调的miRNA中有12个为mi RBase数据库中的已知miRNA,分别为:hsa-mi R-122-5p、hsa-mi R-3122、hsa-mi R-4797-5p、hsa-mi R-483-5p、hsa-mi R-516b-5p、hsa-mi R-5189-3p、hsa-mi R-548ar-3p、hsa-mi R-548d-5p、hsa-mi R-548q、hsa-mi R-6734-5p、hsa-mi R-7113-5p、hsa-mi R-766-5p。对靶基因进行了GO功能富集分析与KEGG信号通路富集分析,我们发现这些差异表达的miRNA在许多重要的生物学过程中富集,包括“转录的正负调控”、“信号转导”、“肌动蛋白结合”、“DNA结合”、“血管生成”和“肌动蛋白结合”。一些生物信号通路,如G蛋白偶联受体信号通路、自噬信号通路、长寿信号通路、Erb B信号通路、Rap1信号通路和癌症途径信号通路也显著丰富。这些通路与细胞的增殖、分化、转移和凋亡有关,都是肿瘤侵袭转移的重要过程。结论:揭示了miRNA在胰腺癌肝转移组与非肝转移组的胰腺组织中存在差异表达,与胰腺癌肝转移密切相关,为胰腺癌肝转移的诊断和治疗提供新的思路。第二部分:实时荧光定量PCR验证miRNA的差异表达及临床意义的探索目的:验证测序所得已注释的12个miRNA在训练队列中的表达水平,并分析其与临床病理和预后的关系。方法:选定在肝转移组中上调表达且在mi RBase数据库中已注释的12个已知miRNA进行定量验证。通过实时荧光定量PCR分析这12个miRNA在96例训练队列EUS-FNA获得的肿瘤组织中的表达情况,其中胰腺癌肝转移组与非肝转移组各48例。结合患者的临床随访资料,进一步统计分析96例患者胰腺癌组织中的miRNA表达量、患者临床病理特征参数以及预后的相关性,并构建基于miRNA相关基因组学的胰腺癌肝转移预测模型。结果:实时荧光定量PCR检测结果证明hsa-mi R-6734-5p、hsa-mi R-483-5p、hsa-mi R-548q、hsa-mi R-548ar-3p在胰腺癌伴肝转移的胰腺癌组织中的表达量相对于非肝转移组胰腺癌组织中的表达量显著上调,与测序结果一致。上述4个miRNA的表达与临床病理特征参数统计分析结果显示hsa-mi R-483-5p的表达、CA125以及糖尿病史与胰腺癌肝转移密切相关。对患者总体生存期进行相关性分析,我们发现胰腺癌肝转移组的总体生存期显著短于非肝转移组,hsa-mi R-483-5p高表达组的总体生存期明显短于非肝转移组。结论:hsa-mi R-6734-5p、hsa-mi R-483-5p、hsa-mi R-548q、hsa-mi R-548ar-3p在胰腺癌伴肝转移的胰腺癌组织中表达显著升高,而hsa-mi R-483-5p的表达、CA125以及糖尿病史与胰腺癌肝转移密切相关,hsa-mi R-483-5p高表达的患者总体生存期明显降低。同时我们提出了一种基于microRNA相关基因组学的胰腺癌肝转移的新型预测模型,该模型具有较高的诊断效能,可作为诊断胰腺癌患者肝转移的潜在有效辅助工具。
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