随着系统生物学的迅猛发展，各类不同生化动力学网络逐渐被人们所认识和重视(如代谢控制网络、基因调控网络及信号转导网络等)。然而这些网络的复杂性使得人们难以从实验方面直观了解其功能和作用机制。为较好地认识这些网络的拓扑结构及动力学过程，计算机模拟技术被应用于生化网络体系的研究。 论文第一章主要介绍了计算机模拟技术的概况以及将其应用于生化动力学网络的优点和意义。 第二章详细讨论了现有的各类模拟算法和模拟软件。内容包括对国际上常用的模拟算法和模拟软件分类和总结，并针对已有软件的不足，介绍了自编的模拟软件CSU。同时，还就如何根据实际体系选择合适的模拟算法和模拟软件一问题给出讨论。 第三章对不同的生化网络模型进行研究。对同一生化动力学网络，可分别用随机性模型和确定性模型来描述。该章以一生物节律网络体系为例，从不同角度比较了两种模型的模拟结果，同时还从原理上揭示了两种模型的适用范围。 第四章在计算机模拟技术的基础上，将均匀设计方法运用于生物节律网络来安排仿真试验。对试验数据进行逐步回归分析，建立了周期与动力学参数间的非线性二次模型。该模型能准确描述出动力学参数对周期的影响。 第五章对论文工作进行总结。计算机模拟技术能巧妙地弥补实验工作的缺陷。因此，将其应用于生化动力学网络有着潜在优势和广泛前景。