近年来,“整体政府”作为当代政府管理的一个新理念,逐渐成为当今发达国家改革实践重点和学术研究重要方向。党的十八届三中全会也提出全面深化改革的总目标是完善和发展中国特色社会主义制度,推进国家治理体系和治理能力现代化,所以进一步推进我国行政管理体制改革,实现真正意义上的服务型政府,跨部门合作则是可以尝试的配套制度。而随着改革开放的不断深入,我国政治、经济、文化等各项事业不断向前发展,政治经济体制与制度也逐步暴露出一些不合理、不完善的地方,社会矛盾逐步凸显,各种自然、社会突发情况层出不穷,各类公共危机更是接二连三。改革开放以来,中国民航业在取得举世瞩目成就的同时,也面临着各式各样的危机,且面临公共危机的复杂性、破坏性和不确定性在逐渐增大。单独依靠民航自身力量和传统思维方式远不能完全满足行业发展与公共危机管理的需要,加强民航公共危机管理,尤其是加强行业公共危机管理中的跨部门合作,对有效解决日益复杂的公共事务、化解公共危机、保障民航安全、促进经济发展、维护社会安定具有重要的现实意义。本文在民航知识、公共危机基础理论、跨部门合作基础理论的理论铺垫上阐述了民航公共危机管理跨部门合作的必要性,介绍了民航公共危机管理的类型与特征、民航管理的体制沿革、民航公共危机管理的体制架构,采用案例分析法总结了我国目前民航公共危机管理跨部门合作存在的问题,并试着分析了存在问题的原因,在此基础上提出了民航公共危机管理跨部门合作的总体构想,从文化、组织、制度保障三个方面提出了民航公共危机管理跨部门合作的路径优化。