政府特许经营在发达国家已有较长历史,引进我国之后被证明一种创新、规范、较为成功的公私合作制度安排。2015年至2017年,我国颁布多项部门法规和规范文件指导、激励在公共领域的政府和社会资本的合作。BOT作为公私合作的常见主要模式也愈来愈引起公众重视,同时作为该制度运行核心的特许经营合同纠纷也日益增多。以BOT合同纠纷为切入点,结合多个案例和学界有关学说,分析了三个争议焦点:第一,BOT合同纠纷的诉讼管辖问题,关键在BOT合同性质的认定,学界有“民事合同说”、“行政合同说”和“经济合同说”,“经济合同说”更加契合BOT合同兼具公益性和市场性的特征。借鉴我国的司法审判经验,其判断的核心在于合同纠纷内容是否涉及行政法意义上的权利义务关系。综合以上两个方面和对《中华人民共和国行政诉讼法》第12条的理解,确定本案应适用行政审判程序。第二,该案合同是否发生协商变更的情况,根据合同相对性原理和案件中两个合同的签订主体和主要内容可以判定不存在合同变更的情况。但是基于诚信原则,项目公司的股权变更是否通知利益相关人可以作为考量案件合同变更的因素。最后,对于BOT合同补偿标准的认定,一是确定BOT合同的解除是属于情势变更,政府应当予以补偿。二是补偿标准的考量应当以公平原则为指导,渐渐向完全补偿靠拢,三是补偿额度的认定不应该任由合同一方为主导,而且应当有第三方专业机构的介入。案件评析立足学术理论和司法审判经验,对BOT案件的管辖范围、合同变更和补偿标准的认定进行了分析阐明并提出了自身观点,以期为BOT合同纠纷的解决提供更广阔的思路。