现代养蚕业正在从劳动强度高、生产效率低的传统桑叶育饲养模式向集约化、专业化和工厂化的全龄人工饲料育饲养模式转型。人工饲料育家蚕及其肠道微生物的相关研究能够为养蚕业的转型提供技术依据。本研究以工厂化全龄人工饲料饲育的菁松×皓月为研究对象,样品来源于工厂的生产现场,通过对家蚕肠道样品的核酸提取、高通量测序和微生物多样性分析,发现人工饲料育家蚕肠道微生物的组成结构与宿主的发育阶段有关,且其会影响家蚕的结茧率、茧层重等经济性状。并比较分析了肠道和粪便中微生物的组成差异,发现了在不同类型样品中优势微生物的组成结构和丰度具有显著性的差异。本论文主要包括以下4部分的研究结果:1、对传统桑叶育和人工饲料育两种饲养模式下5龄第5天家蚕肠道微生物的组成结构的测序结果进行了比较分析,结果显示肠道微生物的组成结构存在显著性的差异。肠球菌属（Enterococcus）是两种饲养模式下家蚕肠道中唯一共有的优势微生物。与传统桑叶育的家蚕肠道微生物相比,人工饲料育家蚕肠道微生物的丰富度和多样性均显著降低,不动杆菌属（Acinetobacter）成为人工饲料育家蚕肠道中丰度最高的微生物。2、对不同龄期的人工饲料育家蚕肠道样品的测序结果的比较分析结果显示,随着家蚕的发育,其肠道中多数微生物的丰度出现显著变化,例如:肠球菌属、毛螺菌科（Lachnospiraceae NK4A136）、拟杆菌属（Bacteroides）和鞘氨醇单胞菌属（Sphingomonas）等。根据微生物结构的相似性,可以将人工饲料育家蚕肠道微生物分为发育早期（Early-instar,EI）和发育晚期（Late-instar,LI）两种类型。3、对人工饲料育家蚕肠道微生物及其对应的茧丝产量数据的相关性分析结果显示,家蚕肠道微生物的组成结构会影响其经济性状,肠道中厌氧微生物的比例增加可能与家蚕的健康发育及较高的茧丝产量有关。其中与茧丝产量呈显著正相关关系的微生物为粪杆菌属（Faecalibacterium）、拟杆菌属和罕见小球菌属（Subdoligranulum）,呈显著负相关关系的微生物为毛螺菌科NK4A136。4、对人工饲料育家蚕的肠道和粪便中微生物的比较分析结果显示,二者的微生物组成具有显著性差异,通过比较肠道和粪便中优势微生物的种类,我们初步筛选出几种可能在人工饲料育家蚕肠道中生存和增殖的微生物种类,分别是鞘氨醇单胞菌、食酸菌属（Acidovorax）、乳球菌属（Lactococcus）、毛螺菌科NK4A136、假单胞菌属（Psedomona）、芽孢杆菌属（Bacillus）和肠球菌属。综上所述,通过对人工饲料育肠道微生物16S rRNA高通量测序结果的比较分析,本研究发现:（1）人工饲料育饲养模式影响了家蚕的肠道微生物组成结构;（2）家蚕肠道微生物随着宿主的发育呈现规律变化;（3）家蚕肠道中厌氧微生物的比例可能影响家蚕的健康发育和茧丝产量;（4）几种可能在人工饲料育家蚕肠道中生存和繁殖的微生物。该研究为今后进一步深入研究人工饲料育家蚕肠道微生物及其功能提供了参考。