自《企业内部控制审计指引》在我国正式颁布以来,在我国主板上市的公司不但需要单独聘请注册会计师对其财务报表出具审计报告,还需要对内部控制出具评价报告并也需要由注册会计师对其内部控制有效性出具审计报告。从此,两种审计业务都将成为上市公司及会计师事务所必须完成的业务。然而,相关规范体系的建立只是为注册会计师在执行业务的过程中提供了一定的判断依据以及需要遵守的相关原则,而对于怎样同时处理两种审计的关系,尤其是内部控制审计业务如何具体展开并未做出明确的指示,也未对两种审计是否可以以及如何实施整合审计提供依据和支持。这就要求我们对如何具体开展内部控制审计业务以及怎样处理两种审计之间的关系进行深入的探讨,为现在以及未来将要开展的内部控制审计工作做出一定的研究。本文将在遵守相关指引的要求并充分总结发达国家实施内部控制审计过程中取得的成果与不足的基础上,探讨在两种审计业务共同开展的前提下,如何将两者重合部分进行整合,并在实践中得到顺利实施。本文首先对两种审计的相关理论概念进行介绍,并以此为基础,进行详细阐述,从各个方面对两种审计进行全面对比,并从中寻找出相似之处；然后结合前人对两种审计关系的理论研究,进一步对两种审计在是否能够进行整合的问题上进行探讨,并得出了其整合的必要性和可行性。紧接着,再在对内部控制审计发在发达国家的发展历程进行分析,既吸取其成功经验,又结合我国实际情况,探明了整合审计的整合基础和整合思路。在对整合审计的实施流程进行列示之后,通过对各个环节的把握,明确了两种审计的关键整合点。最后,本文在借助前文的理论基础的前提下,引入相关适当的案例,并以此为切入点,展示了整合审计在实操层面的运用,为整合审计在实践中的开展提供了借鉴。