BPR理论是当前管理学界最先进的理论，其核心内容是通过对原有业务流程的重新塑造，借助信息技术，使企业由传统的以职能为中心的职能导向型转变为以流程为中心的流程导向型，实现企业经营方式和管理方式的根本转变，最终提高企业竞争力。政府部门作为国家的管理机构，引导着社会发展的正确方向，其监管特性突出了其与普通行业的不同，但是作为一个机构，在组织的管理方面又与普通行业的管理有着相通之处。因此应用于当前企业界的先进管理理论对政府机构的改革有着意义非凡的指导作用。本文通过对税务系统现行税收业务流程、监督管理、组织机构等方面存在的问题进行分析和研究，以实现税务征管流程整体运行状态最优、输出效益最大和税收成本最低为改革目标，进行税收征管流程再造。围绕安徽省国税系统开发的税收工作流管理系统，实施机构重组、再造税务业务流程，实现管理业务的流程化、税收事务的专业化、机关管理的扁平化、资源配置的集约化、流程作业的标准化、管理过程的信息化，建立全新的税收征管模式，实现税收管理形态由传统职能导向型，向现代流程导向型的根本转变。在对税收工作流管理系统评价分析的基础上，总结基层税务机构在进行流程再造中存在的问题。通过改革，实现税收征管组织由改革前的纵向结构改为趋向于扁型的组织结构，把有限的人力资源用于专业化管理和基层一线的征管中，减少政策传导和信息沟通的时间跨度，提高执行政策和决策的准确度和效率。