作为各国在知识产权领域博弈和妥协的结果，TRIPs协定成功地协调了知识产权的国际保护标准。然而，随着TRIPs的实施，无论是发达国家还是发展中国家，对TRIPs都存有不满：对发达国家来说，TRIPs协定仅仅是确定了各国保护知识产权的最低标准，为实现其知识产权利益的最大化，他们试图建立更高的知识产权保护标准；发展中国家发现通过知识产权领域的让步来结束发达国家的指责并换取农产品或纺织品市场准入的初衷并没有得到兑现。在TRIPs协定之后出现的诸多问题并没有能够在多边贸易体制下得到顺利解决。欧美等发达国家积极推动知识产权谈判转向双边或区域领域，他们通过与发展中国家缔结一系列分散的自由贸易协定，成功地扩张了知识产权的保护；发展中国家也或主动或被动地参与其中，在他们的自贸协定中也不乏体现发展中国家知识产权利益的条款。显然，在自由贸易协定中纳入知识产权条款成为了后TRIPs时代制定知识产权国际保护规则的新途径。这一新趋势对知识产权国际保护，特别是发展中国家产生了深远的影响。本文以对知识产权与贸易的紧密联系为背景，以主要国家自贸协定中的知识产权条款为主体，分析了自贸协定中知识产权条款的合法性及其在TRIPs下的适用关系，在介绍TRIPs特殊的最惠国待遇之后详细讨论了知识产权条款的影响，最后结合我国在自贸协定中引入知识产权条款的实践，提示了我国应采取的对策。