该论文对钾离子通道-阻滞剂相互作用进行了分子动力学模拟研究;模建了CCR5受体,在分子动力学模拟的基础上进行了拮抗剂-CCR5相互作用模拟和拮抗剂定量构效关系研究.在生物体内蛋白质分子动态地与其它生物分子相互作用,从而表现出生物功能.分子动力学模拟是研究蛋白质分子动态性质的主要方法之一,与实验方法互补,在生物大分子体系研究中得到了广泛的应用.该论文的第一章概括论述了分子动力学的基本原理、历史、力场和算法的发展以及分子动力学中常用的模拟策略和技巧.在第二章中,运用分子动力学方法以及由其衍生的拉伸动力学方法研究了钾离子通道KcsA的开关机理,探讨了四烷基铵阻断剂与钾离子通道KcsA解离和结合机理.在第三章中,以钾离子通道KcsA为靶标,进行了大规模的虚拟筛选研究,以期找到有效的KcsA阻断剂.在该工作中,首先采用并行的分子对接程序DOCK4.0对SPECS数据库进行搜寻,选取打分前1 0000名的分子进行后处理;后处理主要包括应用多个打分函数评价候选分子的一致性和类药性评价,分析得到的结果再通过药物化学家丰富的经验进行检查,然后选择、购买化合物,进行电生理实验,测试阻断活性.该研究为设计新型的钾离子通道阻断剂和抗心率失常药物打下了良好的基础.对CCR5拮抗剂的研究有助于新型抗AIDS病药物的发现.在第四章中,综合运用同源模建、分子力学、分子动力学、分子对接和三维定量构效关系(3D-QSAR)方法,构建了CCR5-拮抗剂复合物的三维结构模型,探讨了CCR5受体拮抗剂同其受体相互作用模式,讨论了影响拮抗剂活性的取代基团的结构与活性的关系.研究表明,形成氢键是拮抗剂与受体相互作用的重要特征,拮抗剂中碱性的N原子与受体中酸性的Glu283残基形成氢键,它连同其它氢键一起,确定了拮抗剂中的芳环与受体的疏水性口袋的相对位置.该研究为拮抗剂的结构改造或基于同源模建结构的虚拟筛选提供依据,从而为设计新型抗艾滋病药物提供了线索.