大眼鳜(Siniperca kneri)隶属鲈形目(Perciformes)、鮨科(Serranida)、鳜亚科(Sinipercinae)、鳜属(Siniperca),俗称桂花鱼、白桂等,分布于中国长江、淮河及其以南水系,为中国南方特有种,其生长速度稍慢于翘嘴鳜(Siniperca chuatsi),而快于其它鳜类,其肉质细腻、味道鲜美、营养丰富,是我国重要的名优养殖鱼类。贵州位于滇东高原到湘西丘陵之间的过渡地带,地处长江和珠江的上游,属典型的喀斯特山地地貌,大眼鳜广泛分布于长江流域的乌江、赤水河,锦江河、松桃河、清水江,珠江流域的都柳江和红水河,是当地重要的野生经济鱼类,资源正受到严重威胁。目前,我省国家级水产种质资源保护区内野生大眼鳜群体仍缺乏最基本的形态学参数,遗传结构及多样性等背景资料仍知之甚少,资源优势未发挥其应有的经济效益。本文基于传统形态学数据和框架测量数据、线粒体DNA细胞色素C氧化酶亚基Ⅰ基因(Cytochrome coxidase subunit I,COI)片段、控制区全序列及核DNA ITS-1(First ribosomal internal transcribed spacer,ITS-1)全序列,对我省属长江水系和珠江水系大眼鳜三个种群的形态差异性和遗传多样性进行研究。本研究主要结果如下:1、结合传统形态学法和框架分析法,运用多元分析方法对贵州境内乌江沿河段、锦江铜仁段、北盘江关岭段大眼鳜3个群体的形态差异进行了比较研究。结果表明:可数现状中,铜仁群体与沿河群体只在臀鳍条数上存在差异极显著;铜仁群体与关岭群体在胸鳍数、臀鳍数和尾鳍数上存在极显著差异;沿河群体与关岭群体在胸鳍数、腹鳍数和尾鳍数上存在极显著差异。比例性状显示,铜仁群体眼最小,吻部最长,身体最矮;沿河群体眼最大,且左右两眼间的距离最近,体型最薄,尾柄最短;关岭群体的体型最高而且最厚,吻最短,眼间距最大,尾柄最长。聚类分析中,铜仁群体与沿河群体首先聚在一起,表明他们外部形态较为接近,而关岭群体单独聚为一支。以逐步分析方法建立了3个大眼鳜群体的判别函数,综合判别准确率达91.2%。主成分筛选出在头部、吻长、躯干部和尾部这些与摄食和游泳密切相关的性状,其差异与比例性状在3个群体间差异的结果一致。综合研究结果显示:铜仁群体与沿河群体外形较为相似,而他们与关岭群体形态差异较大,地理分布的距离远近和环境差异是其外形变异的驱动因子。2、采用PCR技术对169尾个体的线粒体DNA COI基因进行扩增、测序,获得的序列长度为1512bp。分析显示:碱基A、T、C、G的平均含量分别为24.9%、28.6%、28.7%、17.8%,其中A+T(53.5%)含量高于G+C(46.5%)含量。169个样本共检测到5个多态位点,并定义了5种单倍型。对贵州的大眼鳜群体COI基因与洞庭湖大眼鳜COI基因序列进行序列差异分析,结果显示两者之间存在10个变异位点,集中在1268nt-1456nt之间。大眼鳜3个群体间4种碱基在密码子3个位点上的使用频率无差别,与洞庭湖大眼鳜相比,密码子第一位上的4种碱基含量差别不大,密码子第二位上T含量(40.9%)高于后者(39.9%),而A和C含量则低于后者;与洞庭湖翘嘴鳜比较差别很小,但与斑鳜、暗鳜、长体鳜和波纹鳜4种鳜鱼比较,在密码子第一位和第三位存在不同差异,特别是暗鳜和波纹鳜密码子第三位中A含量(30.0%)明显低于贵州的大眼鳜(31.8%),而波纹鳜G(8.9%)明显高于后者(7.3%)。大眼鳜3个群体的平均单倍型多样性为0.395,平均核苷酸多样性为0.00029,遗传多样性贫乏。3、运用PCR技术和DNA测序技术对大眼鳜3个群体的线粒体DNA控制区序列进行分析,结果显示:3个群体的序列长度为828-833bp,序列差异小;群体间各碱基含量差异很小,其中A含量最高,G含量最低,A+T含量都明显高于C+G含量;沿河群体检测到13个碱基替换,其他两个群体无碱基的替换;3个群体存在13个多态位点,并定义了5种单倍型,Hap1为3个群体共享单倍型,代表174个个样本,占总样本数的92%;沿河大眼鳜群体的单倍型多样性(Hd)和核苷酸多样性指数(Pi)都高于其他两个群体。总体上看大眼鳜3个群体的遗传多样性贫乏,铜仁大眼鳜群体与沿河大眼鳜群体有一定的基因交流,遗传分化水平适中,而关岭大眼鳜群体与它们因地理阻隔缺乏交流。4、大眼鳜3个群体共151个体的ITS-1序列分析结果显示:3个大眼鳜群体存在序列长度多态性,主要有753bp和755bp两种类型,GC(72.8%)平均含量远高于AT含量(27.3);共检测到6个多态位点,产生6种单倍型;3个群体各自都表现出较低的遗传多样性水平,从总体上看,单倍型多样性指数为0.622,表明贵州大眼鳜群体的遗传多样性较丰富。在贵州大眼鳜ITS-1序列中发现(GC)n、(CT)n、(CG)n、(TCG)n4种微卫星序列,其中(GC)n出现的频率最高。3个群体间铜仁大眼鳜群体与沿河大眼群体遗传分化小,有基因交流,而关岭大眼鳜群体与铜仁大眼鳜群体和沿河大眼群体间,遗传分化大且缺乏基因交流。总之,贵州国家级水产种质保护区内3个野生大眼鳜群体间,无论是形态标记还是分子标记分析表明:因环境差异和长期的地理隔离而产生形态上和遗传上变异,其中铜仁群体与沿河群体间分化较小,变异程度不大,而这两者与关岭群体分化较大。3个大眼鳜群体的遗传多样性并不丰富,其中沿河群体的遗传多样性水平要高于铜仁群体和关岭群体。