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氮是生命体中的重要元素，氮以多种形态存在于地球生物化学过程中。海洋氮循环在维持全球气候和氮平衡等方面起了很大作用。硝化作用是指硝化微生物将氨盐经亚硝酸盐转变为硝酸盐的过程。其中第一步的氨氧化过程为限速步骤，该过程中的氨单加氧酶基因amoA被广泛的应用于氨氧化菌群的研究。本文以渤海沉积环境为研究对象，采用现代分子生物学研究手段，通过构建amoA基因文库进行系统进化分析，并结合环境因子和环境样品的聚类分析，研究了该环境下氨氧化细菌的群落组成和分布及其多样性。本文研究了渤海六个站位，共筛选了563个amoA基因克隆，分别属于49个不同的分类操作单元（Operational Taxonomic Units，OTUs）。各个站位的OTUs为15~18个不等，表明渤海沉积环境下的氨氧化细菌(Ammonia-Oxidizing Bacteria，AOB)多样性不是很高。通过NCBI GeneBank比对分析，amoA核酸序列与氨基酸序列与数据库中最相似的序列的相似度均在97%~100%之间。系统进化分析表明渤海沉积环境下的氨氧化细菌主要为亚硝化单胞菌属(Nitrosomonas)和亚硝化螺菌属(Nitrosospira)，其中Nitrosospira在B001、B005和B011站位为优势菌属。将系统进化树分为5个Cluster（Cluster I-V），这五簇包含了芬兰海湾、河口和沿海环境、深海沉积物、富营养化淡水环境、珊瑚礁沉积物、胶州湾等环境下的amoA基因序列。基于amoA基因系统进化树和OTUs在各个站位的分配，对各个站位氨氧化菌群进行了UniFrac聚类分析，发现B001站位单独一簇。结合环境因子的聚类分析，揭示了渤海沉积环境下氨氧化细菌的群落结构与分布受间隙水中pH、溶解氧、无机氮浓度、NH4+-N浓度、PO43+-P浓度、盐度等多种环境因子的共同影响。典型对应分析（CCA）结果表明，NH4+-N浓度可能是主要影响因素。