论文部分内容阅读
目的:原发性开角型青光眼（Primary Open Angle Glaucoma,POAG）是一种由遗传因素和环境因素共同作用的、复杂的多基因遗传异质性疾病。以往通过全基因组关联研究（Genome-wide association study,GWAS）发现生长停滞特异性7基因（Growth arrest specific 7,GAS7）、SXI同源框1-6基因（SIX homeobox 1-6,SIX1-SIX6）和Toll样受体4基因（Toll like receptor 4,TLR4）可能与POAG致病相关。在其他种族人群中,rs11656696（GAS7）、rs10483727（SIX1-SIX6）、rs4986790（TLR4）和rs4986791（TLR4）4个单核苷酸多态性（Single Nucleotide Polymorphism,SNP）位点已被验证与POAG的发生显著关联。本实验拟通过针对中国汉族人群的病例-对照研究验证rs11656696、rs10483727、rs4986790和rs4986791这4个SNP位点与POAG的遗传易感性是否相关,旨在进一步筛选易感基因GAS7、SIX1-SIX6和TLR4基因与POAG发病相关的危险等位基因,为进一步探索其潜在的致病机制提供遗传学依据和靶点。方法:1、病例-对照研究纳入样本全部来自中国汉族人群,共招募894名POAG患者和997名健康对照受试者。2、提取受试者血液样本基因组DNA,采用SNaPshot单碱基延伸测序法（一种基于荧光标记单碱基延伸链终止反应原理的分型技术）进行基因分型。3、所获取数据输入软件SPSS22.0（SPSS Inc.,Chicago,IL）进行统计学分析。使用卡方检验和Fisher精确检验验证哈迪-温伯格平衡（Hardy-Weinberg equilibrium,HWE）,并统计等位基因和基因型频率。利用Logistic回归分析等位基因遗传模型,并校正病例-对照组间的性别年龄影响因素,采用Bonferroni法校正研究的4种遗传模型的P值,每个模型统计显著水平设置为0.0125（显著水平的1/n,即0.05的1/4）。应用PS（效能分析和样本量估计）:Power and Sample Size Calculation（version 3.1.2）评估样本量的检验效能。结果:SNP位点的等位基因频率和基因型频率在病例组和对照组的分布均符合HWE（P>0.05）,说明本研究对象具有群体代表性。SNP基因分型回收率（call rate）均大于98%。病例-对照统计结果显示:1、rs11656696A/T（GAS7）的A等位基因频率在病例组与对照组之间存在统计学差异（P=0.0064,OR=0.82,95%CI=0.72-0.95）,rs11656696的纯合模型（AA vs CC,P=0.0064,OR=0.68,95%CI=0.51-0.90）和隐性模型（AA vs AC+CC,P=0.00034,OR=0.66,95%CI=0.52-0.84）在病例组和对照组之间有显著统计学差异;2、rs10483727 C/T（SIX1-SIX6）的C等位基因频率在病例组与对照组之间存在统计学差异（P=0.032,OR=0.84,95%CI=0.72-0.99）,rs10483727的杂合模型（CT vs TT,P=0.0033,OR=0.75,95%CI=0.62-0.91）和显性模型（CC+CT vs TT,P=0.0064,OR=0.77,95%CI=0.64-0.93）在病例组和对照组之间有显著统计学差异。进一步将本研究纳入样本与以往报道的中国人群样本汇总分析,合并后样本共含3246例POAG和2298例对照,结果显示rs10483727位点与POAG的发生显著关联(P=1.35×10-7,OR=0.78,95%CI=0.71-0.86);3、rs4986790 G/A（TLR4）和rs4986791 T/C（TLR4）的等位基因频率在病例组和对照组之间无统计学差异,4种遗传模型在病例组和对照组之间无统计学差异。结论:本研究针对894例POAG患者和997例健康对照中国汉族人群样本采用SNaPshot单碱基延伸测序法完成rs11656696（GAS7）、rs10483727（SIX1-SIX6）、rs4986790（TLR4）和rs4986791（TLR4）4个SNP位点基因分型,使用病例-对照研究验证其SNP位点与POAG发生的遗传易感关联性。经相应的统计学分析,结果显示:1、GAS7基因的多态性位点rs11656696与中国汉族人群POAG的发生可能有关,鉴于其纯合模型和隐性模型在病例组和对照组之间有统计学差异,提示携带rs11656696“AA”基因型的受试者比携带“AC+CC”基因型的受试者患POAG的风险更低,推测rs11656696的A等位基因可能参与降低POAG易感性风险。2、SIX1-SIX6区域的多态性位点rs10483727与中国汉族人群POAG的发生可能有关,鉴于其杂合模型和显性模型在病例组和对照组之间有统计学差异,提示携带rs10483727“CT”和rs10483727“CC+CT”基因型的受试者比携带rs10483727“TT”基因型的受试者患POAG的风险更低。进一步将本研究纳入样本与以往报道的中国人群样本汇总（病例/对照组分别为3246例/2298例）分析发现携带rs10483727的C等位基因的个体比携带rs10483727的T等位基因的个体患POAG的风险更低,推测rs10483727的C等位基因可能参与降低POAG易感性风险。3、PS（效能分析和样本量估计）结果显示4个SNP的检验效能均低于80%,提示本研究需加大样本量,以提升挖掘潜在的、有趋势的基因型与疾病表型的相关性检验效能。本研究筛选易感基因GAS7、SIX1-SIX6和TLR4基因与POAG发病相关的危险等位基因,为POAG的遗传易感性研究提供了新的靶点,为进一步探索其潜在的致病机制提供遗传学依据。