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MicroRNA (miRNA)是一类长度约22个核苷酸的内源性非编码的小RNA分子，广泛存在于各种生物体内。miRNA通过作用于靶mRNA的3′UTR区，引起靶mRNA的降解或抑制其翻译，从而实现对靶基因表达水平的调控，研究发现，miRNA在细胞发育分化，组织器官形成以及病毒感染等多种生物学过程中均发挥重要作用。禽流感是由正粘病毒科流感病毒属A型流感病毒引起的以禽类为主的可导致人畜共患的烈性传染性。随着高致病性禽流感病毒感染水禽导致发病死亡的事实出现后，人们越来越意识到禽流感病毒对禽类乃至于对人类的危害。高通量测序技术是近年来发展起来的用于各物种miRNA分析鉴定的强有力工具。鸭miRNA的研究目前还处于空白的阶段，尤其对于感染禽流感病毒后miRNA的变化在水禽中还没有报道，因此本研究在对3月龄SPF鸭感染H5N1亚型禽流感病毒的基础上，采集感染鸭和SPF鸭的脾脏组织，利用高通量测序分析技术，鉴定感染与非感染H5N1亚型禽流感病毒状态下鸭脾脏组织的miRNA并对其进行差异表达分析，同时由于miRNA具有一定的组织特异性，这一特性使得miRNA对生物体的不同生长发育过程及不同的组织器官发挥多种不同的作用。因此本研究进一步对部分差异表达miRNA，利用荧光定量PCR的方法分析其在感染与非感染H5N1亚型禽流感病毒的鸭不同组织中的表达情况。结果表明，SPF鸭感染H5N1亚型禽流感病毒后的第7天，可以检测到鸭体内病毒的表达，并在第15天达到最大值。利用高通量测序技术，成功获得感染与非感染鸭脾脏组织小RNA文库，总体分析显示，SPF鸭脾脏组织的小RNA种类和数量明显多于感染禽流感病毒鸭的脾脏组织。同时获得了322个差异表达的miRNA，其中105个显著上调，217个显著下调miRNA。另外在新发现的17个小RNA中，有1个显著上调，4个显著下调。随机选取9个差异表达miRNA进行定量分析，检测结果与高通量测序所得结果相一致，证明了高通量测序结果的准确性。不同组织定量分析结果显示，在H5N1亚型禽流感病毒感染状态下，miR-17a*，miR-30c*和miR-10在肌肉中的相对表达量最高，miR-4006f-5p和miR-6在气管中的相对表达量最高，miR-92b-3p在肺脏中的相对表达量最高，miR-4499在脾脏中的相对表达量最高，miR-2808e和miR-4002-5p在心脏中的相对表达量最高。而miR-17a*，miR-92b-3p，miR-30c*，miR-10和miR-6均在肝脏中的相对表达量最低，另外miR-4006f-5p，miR-4499和miR-2808e在肺脏中几乎不表达。在SPF鸭中miR-17a*，miR-30c*和miR-10在肺脏中的相对表达量最高，miR-4006f-5p在肌肉中相对表达量最高，miR-92b-3p和miR-4499在脾脏中的相对表达量最高，miR-6在肾脏中的相对表达量最高，miR-2808e和miR-4002-5p在心脏中的相对表达量最高。而miR-17a*，miR-4006f-5p，miR-10，miR-6和miR-4499均在肝脏中的相对表达量最低。所研究miRNA在病毒感染前后均在不同组织中具有不同的表达量。本研究对鸭感染与非感染H5N1亚型禽流感病毒状态下的脾脏组织间miRNA组学差异进行了研究，结果表明miRNA在禽流感病毒作用下的水禽中可能具有重要调控作用，该结果为进一步研究miRNA对水禽感染禽流感病毒下的作用机制研究奠定了基础，同时为抗病育种的发展提供新的理论依据。