雷公藤(Tripterygium wilfordii)是卫矛科(Celastraceae)雷公藤属植物,具有抗炎、抗肿瘤、抗HIV、免疫抑制等多种活性,临床上广泛用于治疗类风湿性关节炎和慢性肾炎等疾病。研究表明某些植物内生菌具有产生与宿主相同或相似活性化合物能力。因此本研究以雷公藤植物为材料,探索其内生放线菌的类群组成,生物活性及次生代谢产物多样性,以期发掘具有应用潜力的菌种资源,为研发新的药物资源奠定基础。从云南省昆明、楚雄和大理采集的8份雷公藤样品(春季和秋季各4份)中共分离获得了185株内生放线菌。通过形态特征和16S rRNA基因序列分析,将分离菌株鉴定到属的水平。结果显示它们分布于7个亚目12个科16个属,其中包括一些新分类单元,揭示了内生放线菌的物种组成及其在雷公藤植物内的分布规律。菌株YIM64602T经过形态特征、生理生化特性、化学分类和系统发育分析等多相分类研究,确定了其分类地位,鉴定为一个放线菌新物种并命名为Stackebrandtia endophytica sp.nov.抑菌活性及抗肿瘤的细胞毒活性显示,分离菌株中有16株高活性抗菌菌株和37株抗肿瘤细胞毒活性的菌株,薄层层析(TLC)和高压液相分析(HPLC)显示这些菌株能产生化学多样性的代谢产物,为寻找活性物质提供了重要的物种资源。从分离菌株中选取142株菌株进行功能基因(PKSⅠ、PKSⅡ、NRPS和萜类合成酶基因DXR)检测,其中123株(86.7%)至少含有一个功能基因,12株菌显示含有PKSⅠ、PKSⅡ和NRPS三个功能基因,5株菌含有四个全部功能基因,这些结果表明雷公藤内生放线菌具有合成聚酮类、非核糖体多肽类和萜类化合物的潜力。我们的结果表明,雷公藤植物中蕴藏着丰富的内生放线菌资源,在研发抗菌、抗肿瘤等先导化合物和药物方面具有很好的应用开发价值。