锦屏一级水电站和锦屏二级水电站是位于四川省雅砻江干流上正在建设的梯级水电站。该锦屏梯级水电站的建成将带来巨大的经济效益和社会效益,但同时也会给本地的生态环境资源带来一些负面影响。本文通过理论分析和数学核算,分析了梯级水电站对生态环境资源影响的各种因素,通过量化影响的价值损失,对梯级水电站建设进行了利弊分析和补偿机制研究。本文以自然资源价值理论为基础,在综合水电工程生态环境影响的相关研究上,结合目前流域水电梯级开发已成为水电开发的主要方式的现实,研究了水电工程建设的生态环境资源的价值核算体系,包括生态环境资源的价值理论,水电工程对生态环境资源影响的各因素核算分析和方法,应用利弊分析法判断水电工程的总体价值,以及经济补偿理论。在此基础上,结合锦屏一级为堤坝式、锦屏二级为引水式的开发方式不同导致影响的表现形式不同的特点,以及工程影响地区地理位置和自然环境的特点,首先分析了该梯级水电站对生态环境的13项影响因素,包括森林资源、移民、耕地、上淤下切、水环境、环境地质、施工期环境、人群健康、小气候、生物多样性、湿地、草原资源和景观。接着应用市场估值法、替代市场评价法和调查评价法等环境经济学方法,核算出各项影响因素一年内的价值损失,由此折合核算锦屏梯级水电工程在运行年限内对生态环境资源影响的总损失价值现值,然后根据水电工程的使用价值、补偿价值和总损失价值现值,用利弊分析方法分析该梯级水电站工程的可行性,研究经济补偿的合理性和现实性,最后提出措施和建议。分析及核算结果表明:该梯级水电站对生态环境资源影响最严重的因素为森林资源淹没价值损失,对该梯级水电工程在运行年限内对生态环境资源的总损失价值进行折合,以2008年价格表现出的现值为3817979.26万元,利弊关系指标为0.81,说明生态环境资源损失的经济补偿不足,由于该水电工程已经开工建设,故需要在其建设运行时进行动态补偿,最少还需补偿金额为2205546.76万元,此时补偿系数为0.59,经济补偿可以使锦屏梯级水电站动态增值。锦屏梯级水电站对生态环境影响的损失比较典型,研究成果可以为其它梯级水电站的生态环境影响资源损失的核算和研究提供指导和借鉴作用。