论文部分内容阅读
前期研究发现多肽9R-P201抑制肝癌HepG2细胞的存活、增殖、迁移并诱导细胞凋亡。长非编码RNAs (lncRNAs)是一类长度大于200个核苷酸的非编码RNA,研究已证实lncRNAs通过在表观遗传、转录和转录后水平调控基因的表达从而参与肿瘤的发生发展过程。然而,多肽 9R-P201 对肝细胞癌(Hepatocellular carcinoma,HCC) HepG2细胞的mRNA和lncRNA表达谱的作用以及机制尚不清楚。本研究通过对9R-P201处理的肝癌HepG2细胞进行转录组测序分析,共筛选出显著差异表达的mRNAs 1557个以及lncRNA881个。结构特征比较分析表明差异表达mRNAs和lncRNAs在基因长度、转录本长度、ORF长度、外显子个数和转录本个数等方面存在显著差异。GO功能和KEGG信号通路富集分析结果显示差异表达mRNAs和lncRNAs显著地参与了与肿瘤相关的生物学进程与信号通路。基于转录因子(transcription factor,TF)结合位点分析和蛋白间相互作用分析,我们通过中间中心度筛选得到相互作用关系富集度高的转录因子33个、lncRNA 273个以及靶基因94个,并构建了 TFs-lncRNAs-靶基因的调控网络图。此外,我们发现差异表达mRNAs间存在相互作用关系634条,并构建了差异表达mRNAs间的相互作用网络图。差异表达mRNAs和lncRNAs的qRT-PCR验证结果表明mRNAs和lncRNAs表达变化情况与测序结果趋势一致。我们选择感兴趣并在肝细胞癌中未曾研究过的差异表达lncRNA RP11-224019.2进行后续的功能研究。经过分析发现RP11-224019.2在肝癌组织中上调并与肿瘤大小相关。通过转染siRNA下调RP11-224019.2的表达显著地抑制HepG2细胞的增殖、克隆形成、迁移和侵袭并诱导凋亡。最后通过RP11-224019.2共表达网络和靶基因预测分析,我们发现TGFB2的表达量与 RP11-224019.2 成相关,并且TGFB2与RP11-224019.2属于antisense 关系。此外,TGFB2的表达量在RP11-224019.2被干扰后下调了88%,这些结果表明TGFB2可能是RP11-224019.2的潜在靶基因。