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公共序列数据库中辣椒的EST序列急剧增长,为EST-SSR标记开发提供了丰富的序列资源。但目前,对辣椒EST序列信息的利用还十分有限,本研究利用公共序列数据库(NCBI)中来自辣椒的近12万条EST序列信息对辣椒的EST-SSR标记进行鉴定和开发。首先,研究利用生物信息学手段和数据挖掘技术,分析了辣椒EST-SSR的发生和分布特征。对118060条辣椒EST序列进行处理和拼接,获得了30759个Unigene,覆盖基因组的长度为23.12Mbp。在Unigene上鉴定出3758个SSR位点,其发生频率为1/6.15kb。二核苷酸和三核苷酸重复基序的SSR位点分别占总数的70.7%和26.8%。83.5%的SSR位点的重复次数在10次以内。出现最多的基序类型是AG/TC,占EST-SSR总数的43.8%；AAG/TTC是出现最多的三核苷酸重复基序,占总数的6.8%。二核苷酸基序的EST-SSR在5’UTR的分布密度为20/10kb,高于CDS区的8/20kb。而三核苷酸基序的EST-SSR在5’UTR的分布密度为4/10kb,与CDS区的5/10kb相当。这些结果为辣椒SSR标记的开发提供了有用的信息。其次,利用公共序列数据库中EST序列来源的异质性和冗余性,通过序列比对的方法鉴定了一批多态性EST-SSR位点,并高效地开发出了一批辣椒EST-SSR标记。对含有冗余EST序列的contig进行搜索,鉴定出68个多态性的SSR位点,其中有65个位点可以设计引物。利用31个辣椒材料进行试验验证,获得了33个多态性EST-SSR标记,其基序重复次数分布在2-10次之间,重复次数在5次以下的多态性EST-SSR位点有18个,占总数的55%。有27个EST-SSR位点与已知功能基因高度同源,这些功能基因涉及到种子成熟、逆境响应等众多生理过程。33个多态性EST-SSR位点中,分别有27个、18个和15个EST-SSR位点在茄子、番茄和马铃薯等作物上具有可转移性。在茄子、番茄和马铃薯上同时具有可转移性的标记有14个,在3种作物上都没有可转移性的标记有6个。研究结果不仅为辣椒遗传育种研究提供了一批可利用的转录区的SSR标记,同时还为在辣椒和其它作物上进一步挖掘公共序列数据库中的序列信息、开发低重复次数的SSR标记提供了实验依据。最后,利用鉴定出的33个EST-SSR标记,对31份来自不同地区的常规种或杂交种进行遗传多样性分析。33个多态性EST-SSR标记共扩增出91个等位基因,平均每个标记扩增出2.76个等位基因,最多检测出6个等位基因；EST-SSR位点的平均观测杂合度和平均期望杂合度分别为0.28和0.39。EST-SSR位点的多态性信息含量(PIC)分布范围为0.03～0.74,平均为0.38。聚类分析在相似系数为0.48处,将31份种质分为2大组。第一组5份材料,多为非常规栽培种Capsicum Chinense Jacquin,第二组26份材料,又可以被细分为6个亚组。主坐标分析与聚类分析结果一致。同时,基于EST-SSR标记的聚类分析结果显示,辣椒种质间的遗传相似性与果实性状、熟性和辣味等表型数据之间的相关性不大。