兴起于20世纪80年代的复杂性研究或复杂性科学,是系统科学发展的新阶段,也是当代科学发展的前沿之一。尽管目前它仍处于萌芽和形成阶段,但已引起了学术界的广泛重视,已被有些科学家誉为“21世纪的科学”。复杂性科学之所以获得如此的盛誉,主要是因为它在科学方法论上的突破。复杂性科学的兴起在哲学上对传统的科学方法论(如还原论、整体论等)产生了重大冲击,其研究也采用了许多传统科学研究较少采用甚至被排斥的研究方法。复杂性科学方法论既是对传统科学方法论的重大挑战,也是对传统科学方法论的重要补充,并对复杂性科学自身的健康发展有着重要的意义。复杂性科学的总体特征是它不能完全用还原论的方法进行研究,需要超越还原论,并在某种意义上是对整体论的复兴。然而,它也并非属于完全的整体论研究纲领,它同样需要超越整体论。因此,从科学方法论的角度来看,复杂性科学是对传统还原论和整体论的超越,要求在还原论和整体论之间保持必要的张力,并要求在既发挥它们的长处又克服它们的弱点的基础上为复杂性科学创造新的方法论。为此,我们对复杂性科学与还原论、整体论的关系做了比较全面的考察,在此基础上提出了适合复杂性科学的新方法论:融贯论,即把还原方法和整体方法融贯起来而创立的新的方法论,并在融贯论的指导下提出了复杂性科学的几条方法论原则。融贯论及其方法论原则不能停留在完全抽象的层次上,而应体现在复杂性科学的具体研究活动之中。本文从复杂性科学的具体文献中进行了归纳总结,提出了复杂性科学中常用的六种科学方法,即隐喻、模型、数值、计算、虚拟和集成等,并对这六种复杂性科学的研究方法做了比较全面的阐述,分析了它们在复杂性科学中的具体运用。这些方法在许多传统科学研究中不太使用或不太受到重视,但在复杂性科学中却占有重要的方法论地位,成为复杂性科学的几种重要的科学研究方法。