目的：运用棘球绦虫线粒体细胞色素C氧化酶亚单位1(CO1)基因及线粒体脱氢酶亚单位1(ND1)基因对新疆细粒棘球绦虫人体分离株进行基因多态性分析,结合患者临床资料,探讨新疆地区细粒棘球绦虫株系间基因序列差异,种内变异,为新疆包虫病的预防和控制提供理论依据。方法：收集新疆不同地区囊型包虫病患者手术切除病灶标本,对棘球绦虫分离株选择线粒体DNA的CO1基因和ND1基因,设计特异性引物,PCR扩增,测序,通过分子生物学软件,分析基因序列的差异,并构建了系统发育树。回顾性分析患者临床资料,对其流行病史、临床表现,包虫囊肿类型、影像学检查、血清学检测及治疗方法进行总结分析。结果： 52例CE患者人体分离株中仅有一例为G6,其余均为G1型,CO1基因存在10个不同的基因单倍体,30个突变位点,其中,2个新疆细粒棘球绦虫GJ型基因单倍体序列变异在Genbank中有100%同源序列；同时检测的ND1基因存在11条不同的基因单倍体,15个突变位点。其中,4个新疆细粒棘球绦虫G1型基因单倍体序列变异在Genbank中有100%同源序列,7个G1型基因单倍体未找到相同变异序列,是新发现的细粒棘球绦虫ND1基因序列。G6型与完整的线粒体基因组G6参考序列同源性为100%。G1型感染患者临床表现与包虫分型不同,G6感染者临床症状、包虫分型与G1感染者相似。结论：1.新疆细粒棘球绦虫人体分离株种间遗传多样性较低,本研究中仅发现G1、G6两种基因型。2新疆细粒棘球绦虫人体分离株基因序列与细粒棘球绦虫株(G1)聚为一类,但单倍体在NJ树上呈现梳齿结构,G1型种内变异具有较高遗传多态性。3.细粒棘球绦虫G1基因型感染患者临床表现与包虫病分型不同,种内差异对人群的传播动力学、致病性、抗原抗体反应、化疗反应等有待进一步研究。