遗传性耳聋相关致病基因的低频率变异在云南四个民族耳聋人群中的分析

来源 :昆明理工大学 | 被引量 : 0次 | 上传用户:flysnake
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目的:耳聋,也被称为听力障碍,主要表现为不同程度的听力丧失,导致语言交流障碍从而严重影响到受影响人群的生活质量。根据世界卫生组织(WHO)的统计,全球有大约3.6亿人有听力问题。造成耳聋的因素很多,基本上可以分为遗传因素和非遗传因素。其中由基因和染色体异常这类遗传因素导致的耳聋称之为遗传性耳聋(HHL)。对于外显子数目较多的遗传性耳聋基因来说,传统一代测序方式对此类基因的检测量低,并且对于致病突变的鉴定存在不足,随着新一代测序技术的出现,对高通量数据的测序成为可能。但是由于遗传性耳聋基因存在着众多的低频率变异,这些变异位点在千人基因组等数据库中或是没有数据,或是缺少功能性验证,这给二代测序的后续分析带来诸多困难。云南地区少数民族众多,耳聋人群的遗传背景也比较复杂。我们选取云南地区四个不同民族耳聋患者的样本进行目标区域捕获和高通量测序,之后利用生物信息学技术对结果进行统计与分析,以期对云南地区遗传性耳聋的防控提供一定的参考数据。方法:对收集到的云南地区四个不同民族,汉族、彝族傣族和哈尼族患者的外周血基因组DNA进行目标区域捕获和高通量测序,以124个遗传性耳聋相关致病基因的所有外显子以及每个外显子两侧各延伸100bp作为目标区域,利用生物信息学分析,查找124个遗传性耳聋相关基因的变异位点,对出现的位点进行统计分析以绘制云南地区四个不同民族耳聋患者遗传性耳聋相关致病基因的变异谱。结果:我们共收集了GJB2阴性的哈尼族耳聋患者34例,傣族耳聋患者27例。彝族耳聋患者75例,以及汉族耳聋患者43例,共179例患者的样本。在这些云南地区耳聋患者124个遗传性耳聋相关致病基因中,存在着低频率变异位点的基因有110个。其中汉族耳聋人群中出现较多的基因是:LRP2(占比7%)、ADGRV1(占比5%)、COL11A1(占比5%)、DIAPH3(占比4%)等。出现较多的低频率变异位点是:rs759076090(LRP2)、rs60522638(ADGRV1)、103471454(COL11A1)、NM001042517:exon25:c.3028-2->TAAG(DIAPH3)等。彝族耳聋人群中出现较多的基因是:LRP2(占比8%)、ADGRV1(占比6%)、MYO7A(占比4%)、DIAPH3(占比4%)等。出现较多的低频率变异位点是:rs759076090(LRP2)、rs60522638(ADGRV1)、rs111906251(MYO7A)、NM001042517:exon25:c.3028-1->ATA(DIAPH3)等。傣族耳聋人群中出现较多的基因是:LRP2(占比9%)、ADGRV1(占比5%)、COL11A1(占比5%)、PTPRQ(占比4%)等。出现较多的低频率变异位点是:rs759076090(LRP2)、rs60522638(ADGRV1)、rs749687230(COL11A1)、rs111906251(PTPRQ)等。哈尼族耳聋人群中出现较多的基因是:LRP2(占比9%)、USH2A(占比6%)、ADGRV1(占比5%)、OTOF(占比4%)等。出现较多的低频率变异位点是:rs759076090(LRP2)、rs140003076(USH2A)、rs60522638(ADGRV1)、rs752266635(OTOF)等。结论:我们对比了云南地区四个不同民族占比在前30的具有低频率变异位点的遗传性耳聋相关致病基因,发现:1)彝族与傣族耳聋人群中存在的占比较多的低频率变异位点有:rs759076090(LRP2)、rs60522638(ADGRV1)、rs140003076(USH2A)等,其中rs759076090在两族人群中占比类似,rs60522638与rs140003076在两族中占比存在差异。2)彝族与哈尼族耳聋人群中存在的占比较多的低频率变异位点有:rs759076090(LRP2)、rs60522638(ADGRV1)、rs367660058(TRIOBP)等,其中rs60522638在两族中占比差异较大。3)彝族与汉族耳聋人群中存在的占比较多的低频率变异位点有:rs759076090(LRP2)、rs60522638(ADGRV1)、NM001042517:exon25:c.3028-1->ATA(DIAPH3)等,其中NM001042517:exon25:c.3028-1->ATA位点在两族中占比类似,其他位点占比具有较大差异。4)傣族与哈尼族耳聋人群中存在的占比较多的低频率变异位点有:rs759076090(LRP2)、rs140003076(USH2A)、rs145588841(TRIOBP)等。其中rs140003076在两族中的占比差异较大。5)傣族与汉族耳聋人群中存在的占比较多的低频率变异位点有:rs759076090(LRP2)、rs60522638(ADGRV1)、103471454(COL11A1)等。其中103471454在两族中占比存在较大差异。6)哈尼族与汉族耳聋人群中存在的占比较多的低频率变异位点有:rs759076090(LRP2)、rs60522638(ADGRV1)、rs762586713(TRIOBP)等。其中rs762586713在两族中占比类似,其余位点存在较大差异。总而言之云南地区的耳聋人群当中存在多种不同的遗传性耳聋相关致病基因的低频率变异位点,其在各个民族中的分布存在差异。
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