改革开放三十年来,我国在经济和社会发展方面取得了长足的进步,人民生活水平不断提高。但是与此同时,我国的改革也面临着许多困境,存在不少问题。在比较严重的城乡二元化结构的社会形态下,城市和农村之间的差距日益扩大,其中之一就是广大农民的医疗保障问题,如果这个问题得不到解决,它将会损害我国这些年来所取得的成就并制约着我们以后的经济发展。在未来的改革中,必须要打破城乡界限,建立一个覆盖全民的、一体化的医疗保障体系。所以,新型农村合作医疗制度的建设还应具有一定的前瞻性,在制度设计上和管理机制上都应注意和以后城乡一体化医疗保障制度的对接。建立一个适合我国国情的新型农村合作医疗管理机制,对于我国新型农村合作医疗制度的健康运行、社会主义新农村的建设以及和谐社会的构建都是至关重要的。本文从管理机制的角度入手,通过考察传统农村合作医疗制度形成、发展、衰退、重建过程中的利弊,借鉴国外的医疗保障管理经验,分析新型农村合作医疗的运行现状和出现的问题,探索一个与城乡一体化医疗保障制度相对接的在社会保障部门统筹下的新型农村合作医疗管理机制。最后提出了统筹城乡医疗保障制度的基本设想。