证券市场隐性交易成本是微观市场结构的一项重要内容，对市场效用的发挥有重要作用。本文采用Corwin（2012）提出的模型，用股票日交易价格数据来估算证券隐性交易成本，得到1992年至2012年间1922只股票的隐性交易成本数据，并据此开展研究，首先对沪深两市隐性交易成本进行对比分析，其次对行业间的隐性交易成本进行横向分析，最后用面板回归分析股价信息含量、公司治理结构对隐性交易成本的作用。研究结果如下：（1）深市隐性交易成本大于沪市，但在2006年至2008年间无显著差异；（2）行业间隐性交易成本存在显著差异，且随市场变化而变化；（3）在股价信息含量较小时，提高股价信息含量对隐性交易成本有正的作用，在股价信息含量较大时却有负的作用；（4）控股股东持股比例、股权集中度对隐性交易成本有正的影响，关联交易增加隐性交易成本，公司治理环境中非第一大股东的股权制衡作用缺失；（5）当独立董事和公司工作地点一致时显著的降低隐性交易成本；（6）公司负债比率高会显著增加隐性交易成本，长期负债作用更大，财务杠杆对隐性交易成本有负的作用。