在我国全面深化改革的大背景下,非营利组织在教育、科技、文化等方面发挥着重要作用,我国通过给予合理的税收优惠政策推动非营利组织的发展。非营利性民办学校作为非营利组织,在税收待遇上具有特殊性,《民办教育促进法》第四十七条对非营利性民办学校的税收待遇规定看似明确,但在实践中存在争议。因此,本文对我国非营利组织免税收入的认定问题进行研究,尤其是以非营利性民办学校为视角深入分析,能够有效解决《民办教育促进法》第四十七条在实践中产生的困境,有利于非营利性民办学校合理享受税收优惠政策,同时保障非营利组织持续健康发展。基于此,本文分为四个部分。第一部分为理论基础与立法现状,明确非营利性民办学校的特殊性,用以说明本文以非营利性民办学校为视角的理由。第二部分以长沙医学院补税案为典型案例,强调非营利性民办学校免税收入认定问题在实践中存在的争议。由此引发三个问题,一为在程序上未办理免税资格认定是否影响非营利性民办学校在实体上认定免税收入;二为非营利性民办学校学费和住宿费是否享受与公办学校同等的税收待遇;三为非营利性民办学校的学费和住宿费是否为免税收入,通过对立观点引出下文分析。第三部分为法理分析,根据问题一通过实质课税原则和法律位阶分析,明确未办理免税资格认定不影响免税收入认定;根据问题二比较公办学校与非营利性民办学校的收入,明确公办学校学费、住宿费为不征税收入,而非营利性民办学校学费、住宿费本身构成应税收入,若符合免税条件,则认定为免税收入;根据问题三对非营利性民办学校收入定性分析,明确非营利性民办学校学费、住宿费属于应税收入。第四部分为完善非营利组织免税收入认定的建议,通过完善非营利组织免税资格认定规则,加强非营利组织的税收遵从,提高非营利组织免税收入认定规则的法律位阶,以解决非营利组织免税收入认定在实践中存在的问题。