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目的: 近来通过生物学预测方法以及计算机分析等实验手段,已在细菌的基因组中发现了许多非编码RNA(non-coding RNA,ncRNA),它们可作为重要的调节因子,参与调控细菌的基因表达。本课题组通过利用伤寒沙门菌(Salmonella enterica serovar Typhi,S.Typhi)转录组深度测序及生物信息学分析,发现了一系列疑似ncRNA,本研究将对其中之一疑似ncRNAS527进行分子鉴定、表达特性分析及作用与功能等研究。 方法: 1.S527分子鉴定:通过northern blot实验证实S527在S.Typhi有表达;利用5 RACE和Tiling PCR的方法,分析S527基因的转录起始点以及可能的转录终止点,确定其基因位置和分子的全长。 2.S527的表达特性分析:采用northern blot和实时荧光定量PCR(qRT-PCR)实验,分析S.Typhi在不同生长时相和酸、氧、高渗环境应激后的S527表达变化。 3.S527基因缺陷变异株的制备:利用λ-Red同源重组方法,制备的(114bp)缺失变异株。 4.S527高表达株的制备:构建含S527基因全长的高表达重组载体pBAD-S527,导入S.Typhi作为S527高表达菌株。 5.S527作用分析:将野生株、变异株、高表达菌株及空质粒对照株在LB中及酸、氧和高渗条件下培养,分别测OD600,绘制生长曲线,观察S527对S.Typhi生长的影响;将对数生长期的各菌株,接种至含0.3%琼脂糖的LB动力平板中,37℃过夜培养,测量菌株圈直径,分析S527对S.Typhi动力的影响。 结果: 1.Northern blot结果显示,S.Typhi野生株中有与S527特异性cDNA探针结合的RNA,长约700-800nt,表明S527在S.Typhi确有表达;5RACE结果显示,S527基因的转录起始点位于ribE基因翻译转录终止点下游963nt处;Tiling PCR结果显示,S527基因的终止区位于基因下游755-817bp之间,期间无明显的蛋白编码ORF结构。 2.Northern blot和qRT-PCR实验显示,S527在S.Typhi的对数中后期(OD6000.8)表达最高,在酸、氧及高渗应激下表达下调。 3.S527基因序列分析显示,S527基因中114bp被卡那霉素抗性基因替代,表明S527基因缺陷株制备成功。 4.生长曲线表明,S527缺陷株在各种应激下生长能力较野生株低,但在酸应激8小时后S527缺陷株生长能力逐渐恢复。S527高表达株较野生株及空质粒对照株的生长能力稍低,但无显著差异。 5.动力实验结果显示,S527高表达菌株动力较野生株及空质粒对照株动力明显增高。 结论: 1.S527为一长链ncRNA,在S.Typhi确有表达,且对数中后期表达最高;环境应激可影响S527的表达。 2.S527基因缺陷可影响S.Typhi的生长速度。 3.S527高表达可增加S.Typhi的动力。