沙门氏菌和大肠杆菌都是重要致病菌。腹泻疾病在全世界的发病率和死亡率都很高。在大多数发展中国家，沙门氏菌是导致痢疾的主要原因之一，尤其在那些只有有限卫生条件控制的地区。　　 O-抗原是细菌细胞最主要的表面抗原。O-抗原具有很广泛的多样性，其多样性与致病性密切相关。O抗原位于细菌表面，由多个寡糖单位组成，是细菌表面最具多样性的成分之一。O抗原具有很强的免疫原性并且是一些噬菌体的吸附位点，这些因素使其受到较强的选择压力并导致O抗原具有高度的多样性。O抗原多样性同样会赋予细菌在特定生存环境下的选择优势，使细菌拥有更适于其生存或者更易于逃避免疫系统攻击的表面结构。O抗原是一种重要的致病因子，O抗原的缺失会造成细菌的血清敏感并严重影响细菌的毒力。　　 生物信息学是80年代末随着基因组测序数据迅速猛增而逐渐兴起的一门全新的学科。基因组信息学是生物信息学的核心，包括基因组信息的获取、处理、存储、分析和解释。　　 本研究中，通过鸟枪法测序得到了沙门氏菌O39、O66和大肠杆菌O10、O166的O-抗原基因簇全序列。通过生物信息学分析，发现这些O-抗原基因都成簇位于galF基因到gnd基因之间，转录方向为从。galF基因到gnd基因的方向。分别得到了15、14、6、7个开放阅读框，并且对单糖合成酶基因、糖基转移酶基因和寡糖单位处理酶基因进行了预测。　　 另外，本研究通过生物信息学方法，识别出了O-抗原中的wzx和wzy基因。针对这两个基因设计特异引物进行特异基因PCR，通过对166株大肠杆菌和46株沙门氏菌O血清型的PCR检测，这些基因PCR结果高度特异，可以应用于对重要致病菌沙门氏菌O39、O66和大肠杆菌O10、O166的快速鉴定和检测。