川牛膝(Cyathula officinalis Kuan)是中国传统中药材之一,也是苋科杯苋属植物中唯一在我国被大规模人工种植、开发利用的品种。但是,同其它中药植物一样,目前对川牛膝的研究仍主要集中在化学成分、品质监测、药理活性等方面,使用研究手段也仍然停留在实验生物学阶段,急需从更深入的角度进行研究和探索。目前高通量测序技术作为基因组学最重要的研究技术之一,被大量应用于作物研究方面。但是,由于其程序复杂,投入大,对于大量类似于川牛膝等药用植物来说,进行传统的高通量测序,完或整个流程需要耗费大量的资金。以目前我国实际经济社会发展水平和产业基础来考虑,缺乏推广应用价值。因此,开发药用植物简化基因组从头测序流程,并评价其实际结果、考察其应该用推广价值具有了重大的研究意义,本研究通过小深度高通量测序及后续数据处理及分析,建立起了一套数据预处理技术,此外,还探索了不同数据组装方法对川牛膝小深度全基因组从头测序拼装结果的影响,并在最终数据中对影响川牛膝品质的关键化合物合成通路上的相关基因进行了电子克隆。