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母猪繁殖性能是影响生猪产业生产效率的重要经济性状,本研究旨在通过全基因组关联性分析鉴别影响母猪总产仔数(total number of born piglets,TNB)、产活仔数(number of born alive piglets,NBA)、乳头数(teat number)和黄体数(number of corpus luteum,TCL)的关联性遗传位点。实验群体包括拥有242头总产仔数和产活仔数表型数据、291头在240日龄屠宰有黄体数表型及1743头有乳头数记录的白色杜洛克×二花脸F2资源家系群体,仅有乳头数记录的320头二花脸猪和340头苏太群体。基因型数据由Illumina porcine60K SNP芯片直接判定的基因型和基于微卫星的基因型推断60K SNP基因型结果整合而来。通过Plink软件对SNP基因型进行质控,QQ-plot检测群体层化效应,利用R语言GenABEL软件包中的混合线性模型进行全基因组关联性分析,采用Bonferroni方法确定显著关联性阈值,分别定位影响白色杜洛克×二花脸F2资源家系、二花脸及苏太猪群体中影响母猪繁殖性能的染色体位点,再运用生物信息学和比较基因组学的分析手段从Ensembl和NCBI网站上搜寻显著关联性区域中可能的候选基因。相关性分析结果显示总产仔数和产活仔数之间存在强正向相关性。QQ-plot结果显示分析中不存在明显的整体系统偏差和明显的群体层化效应。全基因组关联性分析共鉴别到33个与母猪繁殖性能显著相关的位点,其中有3个位于7号染色体上的SNP与总产仔数、5个位于7号染色体上的SNP与产活仔数、1个位于8号染色体上的SNP与黄体数以及24个位于1号、7号和12号染色体上的SNP与乳头数分别显著相关,且总产仔数和产活仔数两个性状的关联性区域高度重叠。荟萃分析中并没有发现新的关联性信号或者信号水平加强的位点。经过位置功能筛选,MEP1A和SPINK2基因确定为分别影响产仔数和黄体数的位置功能候选基因,VRTN和KDM6B基因为影响乳头数的重要位置功能候选基因。研究结果将为母猪繁殖性状的遗传解析奠定基础。