大型底栖无脊椎动物对自然或人为扰动引起的环境变化能够做出快速的响应,因此可以利用大型底栖动物和环境扰动之间的关系指示环境质量状况。建立在底栖生物群落基础上的生物指数法,已成为监测和评价海洋生态系统健康的重要工具。底栖生境是决定大型底栖动物群落组成和空间分布的重要环境要素,底栖生境状态的适宜程度影响底栖群落的健康。本文基于2004年到2013年5月和8月的18个航次的数据,利用Shannon-Wiener多样性指数(H’)、AMBI指数(AZTI’s Marine Biotic Index)和M-AMBI指数(multivariate AMBI)三种生物指数对黄河口及邻近海域底栖群落的健康进行了评价,比较了三种生物指数在该海域底栖生境质量评价中的适用性,并与底栖生境的水环境和沉积环境要素进行了对比分析,进行了底栖生境适宜性的评价。结果表明,在黄河口及邻近海域的18个航次中共采集到203种大型底栖动物,分别为多毛类、软体动物、甲壳类、棘皮动物、纽形动物、虫动物、扁形动物、刺胞动物和半索动物,分属于9个类群。其中,以多毛类占明显优势,占到总物种的38.4%,其次为软体类和甲壳类动物,分别占到总物种的28.6%和24.1%。6个航次物种总丰度的范围为1996 ind./m2-8672 ind./m2。2004年、2009年、2011年和2013年的5月和2004年和2010年8月的物种总丰度显著高于其他航次。研究区大型底栖动物的生态分组等级以EGI、EGII和EGIII所代表的对扰动敏感的物种、对扰动惰性的物种和对扰动有耐受力的物种为主,分别占到群落的31.5%、36.0%和21.2%。研究的18个航次多样性指数的平均值范围为1.67～3.04,其中,只有2010年8月航次的生态质量等级处于“优”等级,77.8%的航次(14个)的生态质量等级处于“良”等级,其它16.7%的航次(3个)的生态质量等级处于“中等”。在调查的11个站位中,位于黄河口附近的3号、6号和9号站位受到较大的扰动,生态等级处于“中等”,其它8个站位的生态质量等级处于“良”或“优”等级。18个航次的AMBI指数平均值范围为1.29～2.94,所有航次的生态质量等级均处于“·良”等级。在空间分布的11个站位中,虽然所有站位的生态质量等级均处于“良”等级,但相对其他站位,3号、6号、9号和10号站位的生态质量状况较差。18个航次的M-AMBI指数平均值范围为0.38～0.68,其中有38.9%的航次(7个)的生态质量等级处于“良”等级,仅2013年8月1个航次的生态质量等级处于“差”等级,其它55.6%的航次(10个)的生态质量等级处于“中等”。在11个站位中,位于黄河口附近的2号、3号、6号、9号和10号站位受到较大扰动,生态等级处于“中等”或“差”等级,其余6个站位的生态等级均处于“良”等级。结果表明,三种生物指数的评价结果存在着较大的差异。AMBI指数评价的底栖生境质量等级大大优于多样性指数H’和M-AMBI指数评价的等级,但AMBI指数不能指示出不同站位间的生态环境质量等级的差异,而M-AMBI指数能有效地区分受扰动和未受扰动的站位,对底栖生境环境健康受扰动和污染的状况能够敏感地响应。通过主成分分析和相关性分析,筛选出影响和限制底栖群落健康和生境健康状况的主要环境因子为水深、水体的盐度、溶解无机氮和沉积物质地类型。根据这些主要限制性环境因子,对黄河口及邻近海域的底栖生境适宜性进行评价的结果表明,在水深较浅、盐度较低、污染相对较重和水动力作用较强的河口及近岸区域不适宜于大型底栖动物的生存。