在众多沿海国家和地区，海洋经济正成为区域产业转型的切入点和经济发展的新增长点。在当前全球海洋经济快速发展，世界各国海洋意识不断增强的时代背景下，海洋经济合作已经成为了未来国际经济合作的新亮点。我国环渤海、长江三角洲和珠江三角洲分别形成了北部海洋经济圈、东部海洋经济圈、南部海洋经济圈，这些经济圈使得沿海各省市区的海洋经济战略与其对应海域的海洋经济整体发展密切联系和统一起来。与其他地区不同，珠江三角洲地区海洋经济发展空间广大，但海洋经济发展中的政府间合作涉及两岸三地，包含两种社会制度，三种不同法律基础，政府间区域合作具有其独特性，对该问题的深入研究和探索不但有利于推动珠三角地区经济一体化进程和海洋经济发展，而且对我国未来与其他国家和地区展开更深远的国际海洋经济发展中的政府间合作具有重要价值和参考意义。　　然而，当前粤港澳区域海洋经济发展不协调、海洋生态环境恶化以及违法捕捞等现象频繁，这些都困扰着粤港澳区域海洋经济的进一步发展。粤港澳海域是一个整体，海洋经济的发展与海洋资源的保护需要三方的共同参与，任何一方都不可能完全解决当前面临的问题。就目前的情况而言，粤港澳海洋经济的政府间合作还处于初期阶段，区域间合作迫在眉睫，各种挑战与机遇并存。本着为粤港澳区域的海洋经济合作提供一些参考和借鉴的目的，本文通过对国内外相关文献文献和著作的梳理，对以往粤港澳海洋经济的发展现状以及政府间合作模式进行回顾，以分析其中存在的问题及其原因。同时，通过对国内外海洋经济发展中的政府间合作的做法和经验进行介绍和分析，为粤港澳海洋经济发展中的政府间合作提供借鉴和参考。最后，本文认为在海洋经济发展过程中，粤港澳政府间合作要不断从初级阶段向深入合作的高级阶段过渡，在基于“一国两制”框架下的三方长远利益入手，以推进海洋经重点领域发展、打造海洋经济利益共同体为重点，不断化解不同法律体系带来的制约，从法律法规的融合和协调中奠定政府间合作的制度基础。