以经营过程性能改进为目标的经营过程重构(BPR)是实施CIM的基础。然而在实践中，由于缺乏正确的认识和方法，失败的案例远远多于成功的案例，人们已经深刻认识到BPR的高风险性。为了提高企业的竞争能力，企业常常需要动态地重组经营过程，从而需要一套优化设计经营过程的结构化和定量化的方法和工具，以指导BPR的实施。 国际国内学术界主要是从概念层次研究BPR，本论文将经营过程设计的研究朝结构化和定量化方向纵深发展。本论文从战略战术和运作层次给出了经营过程优化设计框架，对各个步骤的支撑方法进行了研究。主要研究成果是：(1)讨论了基于质量功能部署(QFD)的经营过程重构目标形成方法，基于改进的质量屋，建立了0-1整数规划模型，首次利用随机模拟，基于SA-AR-DEA模型的基准检查，处理QFD相应矩阵数据的获取；(2)讨论了基于DEA的基准检查方法，导出了SA-AR-DEA的原式和对偶式模型，基于该模型评价决策单元的性能等级，在有效前沿面上寻找满足条件的解，将张成最优解所在有效前沿面的DMU作为检查基准；(3)在阶梯形CIM系统体系结构(SLA)中，提出了过程视图的一种定义，阐述了引进过程视图后SLA各视图的内涵及关系，得出了视图关系元模型，提出了以操作过程为核心的协同优化经营过程性能的思想，提出了过程重构结构和参数优化的概念；(4)提出了经营过程资源配置质量的概念和数学描述，建立了结合评价的多目标企业内经营过程、企业间价值链优化模型，利用改进的NSGA算法求解这类决策变量较多的问题，建立了多项目环境下的考虑资源、成本、时间约束和决策节点的经营过程配置优化模型，提出了用遗传算法处理随机资源分配，用栈技术和统一的时间窗处理多项目环境下的资源冲突和决策节点，进行虚拟的活动安排以计算项目完成时间和成本的优化算法；(5)提出了一种考虑群体评价一致性的模糊群决策模型，并与ANP法相结合，用于解决多方案经营过程设计的评价及选择问题。本论文建立了经营过程优化设计的结构化和定量化的理论体系，是BPR工具软件开发的理论基础，是对我国阶梯形CIM系统体系结构和实施方法论的丰富和发展。