PH1704蛋白酶是一种细胞内蛋白酶，来自于嗜热古菌Pyrococcus horikoshii OT3，是C56肽酶家族的成员，具有嗜热蛋白酶的性质，酶反应速率快，在高温下不易失活，不易污染等特点，可以广泛地应用于很多领域。本实验通过基因重组技术把嗜热古菌Pyrococcus horikoshii OT3的PH1704蛋白质基因转移到大肠杆菌中进行表达，获得所需要的蛋白酶。PH1704蛋白酶一般是6聚体寡聚蛋白。通过定点突变实验，获得了R113T突变体，发现酶的负协同性消失，表现为正协同性，Hill常数是1.32。对于底物L-R-AMC，R113T突变体酶的k_cat/K_m值是WT的PH1704蛋白酶的4.4倍。表明蛋白酶PH1704可能有离子结合的别构调控，别构抑制剂为Cl^-。PH1704蛋白酶中有一个硫酸根结合位点，在单体中相对应的残基分别是Arg113和Asn129。我们推测Cl^-和SO₂^-4有相同的结合方式：Cl^-与Arg113形成一个盐桥，Cl^-通过水分子与Asn129形成一个氢键。通过量子力学计算，发现Cl^-与Arg113和Asn129连结，Asn129也参与别构调控。为了对PH1704蛋白酶的别构调控机制有进一步的研究，通过分子对接和分子动力学模拟，解释了Cl^-如何稳定蛋白酶的交界面和控制酶的活性。当有Cl^-存在时，复合物的二级结构无变化，但是当Cl^-不存在时，S10、S11的片层结构消失，变成了环状结构，这说明Cl^-对于维持交界面的刚性结构有重要的作用。对突变体Rll3T进行动力学模拟发现，Cl^-缺失，S10、S11片层结构消失，变成了环状结构，加速了AC亚基交界面氢键的形成，有利于亲核进攻。这是第一次发现Cl^-离子参与别构调控，Cl^-是PH1704的别构调控抑制剂，本实验丰富和发展了别构酶的理论研究，也有助于对C56肽酶家族其他成员的结构、功能、机制的研究提供借鉴作用。