金锈菌属真菌(Chrysomyxa Unger)主要侵染云杉属(Picea)、铁杉属(Tsuga)、油杉属(Keteleeria)等松科(Pinaceae)植物，造成针叶、球果和项芽被害而枯死、脱落，导致云杉林衰退，威胁云杉天然及人工林的安全，造成巨大的经济损失。传统金锈菌分类主要依据寄主特异性和各个孢子阶段的形态学特征，但对于绝大多数形态学特征相似的金锈菌来说，传统分类方法并不能将其明显区分开来。而我国对金锈菌属分类学缺乏系统研究，因此，本研究将通过形态学与分子系统学相结合的方法揭示其种间分类学和系统发育关系，建立可靠的分类系统。　　通过形态学和分子系统学相结合的方法对采自我国十余省份的364份金锈菌标本进行深入研究。在光学和扫描电子显微镜下观察了金锈菌锈、夏、冬三个不同阶段的孢子形态学特征，分析了不同“形态学种”的形态学特征差异。同时利用28S、ITS基因片段揭示了金锈菌不同“形态学种”之间的进化关系，构建了金锈菌分子系统发育树，建立了金锈菌属完整的分类学系统。研究结果如下:　　1.摸清和确立了我国金锈菌属的种类及其地理分布。首次全面系统地对分布我国的15个金锈菌种进行了形态学研究和分子系统学研究。详细描述了金锈菌锈、夏、冬三个不同阶段的孢子形态学特征、寄主植物、地理分布等，编写了中国金锈菌分类检索表。　　2.提出了新的可靠、有效的形态学分类依据。研究结果表明:锈孢子和夏孢子大小、形状、表面纹饰特征、包被细胞内外壁纹饰以及冬孢子堆是否有柄等可作为有效的分类学特征，在种间差异明显。尤其是锈孢子和夏孢子表面纹饰特征可作为稳定的分类依据应用于金锈菌在种水平上的分类和鉴定中。同时，锈孢子可根据其表面疣突形状、大小和表面是否具有光滑区或网纹区、是否具有帽状结构等特征分为4大类，10个亚类型，即疣突型(V)，环纹型(A)，刺型(E)和钉头型(N)，环纹型又分为7个亚类型;同时，夏孢子可根据其表面纹饰特征分为3大类，10个亚类型，即环纹型(A)，疣突型(V)和冠型(C)等。　　3.探讨了金锈菌属与寄生在杜鹃上的5种裸孢锈菌的关系，将其归类到金锈菌属。许多寄生在杜鹃上的疑似金锈菌，由于没有采集到锈孢子或无法用人工接种试验证实其锈孢子寄主时，常常被鉴定到裸孢锈菌属Caeoma sp.中。本研究中首次证实了Caeomayunnanensis的锈孢子阶段，但ITS、28S的系统发育分析结果显示，Caeoma属的分子系统发育拓扑结构并不能形成明显区别于金锈菌属的独立分支，其与金锈菌属仍具有十分相近的亲缘关系，因此建议将寄生在杜鹃属植物上的Caeoma属的5个种归类到金锈菌属。　　4.首次在中国发现琥珀金锈菌Chrysomyxa succinea(Sacc.) Tranz.的锈孢子阶段，并详细描述了其锈孢子阶段特征以及新寄主;发现并记述了寄生于粗枝云杉（Picea asperata）上的2个金锈菌新种，并命名为Chrysomyxa diebuensisC.J.You&J.Cao和ChrysomyxazhuoniensisC.J.You&J.Cao。　　5.建立了金锈菌的分子系统学关系。分别构建了金锈菌28S和ITS序列系统发育树，结合形态学观察结果表明:不同的系统发育分组对应不同的锈孢子和夏孢子表面结构形态学分组，基本呈现一一对应关系。