由尖孢镰刀菌古巴专化型(Fusarium oxysporum f.sp.Cubense)真菌引起的香蕉枯萎病是最具毁灭性的一种病害，该病原菌包含4个生理小种，24个VCG类型。目前对我国乃至世界香蕉产业危害最大的是热带4号生理小种(Foc TR4，VCG01213，01216和01213/16)，它不仅能够侵染香牙蕉，而且侵染1号、2号以及亚热带4号小种的寄主。已经采取了许多防控措施，包括化学防治、生物防治、栽培措施等，其中抗病育种被认为是最有效的一种途径，因此了解抗病品种的抗性机制有助于香蕉的抗性育种。分子育种将是未来香蕉育种的主要技术手段。由于香蕉为非模式生物，其全基因组序列还未公布，所以，当务之急是要寻找优异的高抗基因资源。田间出现了一些体细胞变异的抗性突变体，但是对其抗性机制知之甚少。因此，运用新一代测序技术--Solexa研究接种Foc TR4感病野生型品种(巴西蕉)和抗性突变体品种(农科1号)的根系的转录组和表达谱，对于更好的理解香蕉对枯萎病菌的抗性反应提供充足的信息。　　RNA-seq共产生10G90-bp干净的pair end(PE)reads，组装成88161条unigene(平均长度为554bp)。基于序列同源性，61706条unigene(69.99％)得到鉴定，并对这些unigene进行GO功能的聚类分析、COG聚类分析和KEGG代谢途径分析，其中33243条unigene(37.71％)匹配到119条KEGG代谢途径中，5008个unigene与植物--病原菌互作相关，包括抗性基因和信号转导基因。　　数字基因表达谱(DGE)分析表明受到Foc TR4侵染后抗性突变体与其野生型间转录谱有很大差别。对PAMP识别、效应蛋白启动的免疫系统(ETI)、离子流、激素的生物合成、PR基因、转录因子、信号调节基因、细胞壁修饰等与免疫相关的代谢途径进行了比较分析，结果表明：与PAMP识别相关的基础防御机制、防御相关转录本高水平累积可能在香蕉抗Foc TR4机制中发挥着重要作用。　　本研究产生了大量香蕉转录本序列，比较了抗病突变体与其野生型的防御反应。本结果有助于深入研究缺乏基因组序列、EST序列又较少的非模式植物--香蕉的免疫系统的候选基因，并且有助于提高对植物/病原菌互作的认识。