玉米基因组中存在两个亚基因组，它们在进化过程中经历了不同的分化过程。研究基于共线性分析方法构建了玉米和高粱基因组水平的点阵图，并根据共线性结果，给出了两个亚基因组（Maize1、Maize2）的精确定义。与此同时，运用统计学和系统发育树分析方法对玉米全基因组以及调控路径中亚基因组基因进行了相关研究。得出如下主要结论：1）通过对两亚基因组在染色体上基因个数的统计分析和趋势分析，发现全基因组和调控途径中Maize1、Maize2基因在染色体上的分布情况基本一致；2）从Maize1、Maize2基因序列长度的均值、方差、最小值、最大值、极差这几个方面所反映的序列长度波动性来看，Maize1因为受到更小范围的基因丢失影响，使得其序列长度波动性更大一些；3）对调控途径中Maize1、Maize2基因保留情况做了两个卡方检验，找到了两亚基因组基因保留情况具有显著差异的调控途径，并对它们进行了功能分析，发现35%的途径是作为生命基本代谢的碳代谢过程，包括碳水化合物的合成和降解以及糖酵解等过程；4）为了进一步了解调控途径中Maize1、Maize2基因的进化情况，设计了通路层系统发育树构建方法，并对玉米C4光合通路和糖酵解通路中酶促反应数据库下的同源基因构建了系统发育树。结果表明，两亚基因组基因在两通路下的进化情况并不相同。由此推测，两亚基因组的差异分化过程对调控途径中相似功能基因的进化产生了影响。