背景：作为世界上人口最大的国家，依据国际上现有的罕见疾病患病率计算，中国将会有着最大数量的罕见疾病患者人群。但是目前，中国仅有少数罕见疾病的病例登记系统，所以罕见疾病在中国一直处于流行病学数据缺乏的状态，罕见疾病患病率一直没有得到推断。公认的罕见疾病定义、官方的罕见疾病目录的缺乏，更成为罕见疾病政策制定和科学研究的难题。伴着国家卫生与健康水平不断提高，医疗和预防中的主要问题已经是威胁新生儿、幼儿、少年和青年健康或生命的遗传性疾病，以及威胁中、老年的由遗传和环境共同作用引起的严重疾病，而这些疾病中不乏罕见疾病病种。罕见疾病流行病学研究通过研究人群中疾病与健康状况的分布及影响因素对于疾病的防治和健康促进有着深刻的意义。目的：通过山东地区住院病人电子病案数据进行研究和分析，以期寻找一种适合罕见疾病数据收集、数据分析的方法，并借助该方法成功推断山东地区罕见疾病的患病率，为今后中国罕见疾病患病率的推断提供依据；同时利用相关数据在时间、空间、人群间的层面实现罕见疾病的流行病学描述性研究，为罕见疾病的病因学研究提供参考；了解疾病负担状况，为相应的卫生政策制定提供依据。方法：山东省三级医院共计81家，其中综合医院数量为48家，从中选取31家三级医院（以三甲医院为主）作为研究对象，以欧盟orphanet公布的罕见疾病目录中的ICD编码精确到类目或者亚目的字母和数字组合为关键词，在医院病历检索系统或者后台数据库系统，提取2003-2013年包含罕见疾病住院病人病案首页部分数据，提取数据条目包括：病历号，性别，出生日期（或者年龄），入院日期，出院日期，出院诊断名称及其ICD-10编码，次要诊断名称及其ICD-10编码（选择前5个次要诊断）。利用SQL Server2008创建数据库，通过编写检索语句以疾病中文名称和英文名称为关键词挑出数据库中罕见疾病的相关信息。然后利用山东省卫生统计年鉴提供的基础数据，计算出相应的流行病学指标，并对罕见疾病群体患病率进行粗略描述。利用泊松回归模型结合DisMod II疾病负担模型，对基础数据较全的十种先天性罕见疾病进行患病率估计，通过与国内外文献及欧盟推断结果作比较，验证患病率估计方法是否可行；同时结合DisMod II疾病负担模型推出的变量指标，对罕见疾病的疾病负担进行计算。通过频数分析的方法描述山东省罕见疾病在时间、空间、人群间的分布，找出罕见疾病三间分布的特点。通过空间地统分析的方法，从空间水平以颜色种类和深浅程度的变化反应不同地区间的患病情况的差异，通过空间聚类分析寻找疾病的聚集区。结果：以欧盟罕见疾病目录中的4299种罕见疾病中文和英文名称为关键词，从山东省6,771,432住院病人中共找到933种，共计153,799例，疾病覆盖了ICD-10编码中提及的D-Z共计18类疾病，其中先天性畸形、变形和染色体异常的病种数为389种、病例数55,516，占总住院病人中的8.2‰，占罕见疾病病例数的36.1%。将疾病例数进行汇总分析，55.20%的疾病例数不高于10例；83.60%的疾病例数不高于100例；大于1000例的疾病仅占3.75%，其中大于一万例的疾病只有2种。数量较多的10种疾病分别为吉兰-巴雷综合征、葡萄胎[水泡状胎块]、埃文斯综合征、唇裂、腭裂、三叉神经痛、脊髓损伤、先兆子痫、先天性卵圆孔未闭、肛瘘。通过泊松回归和DisMod II软件推断出唇裂、腭裂、肾发育不良、唐氏综合征、脊柱裂、并指、多指、小耳、肛门直肠、无脑儿十种疾病的患病率分别为78.66/10万、94.33/10万、20.36/10万、6.06/10万、44.85/10万、19.89/10万、60.22/10万、13.66/10万、14.86/10万、3.18/10万。利用十种疾病的病例构成比及患病率来推断罕见疾病的患病数约为2,841,371。唇裂、腭裂、肾发育不良、唐氏综合征、脊柱裂的疾病负担分别为0.1419DALYs/千人、0.1678DALYs/千人、0.0152DALYs/千人、0.0443DALYs/千人和0.0885DALYs/千人。疾病负担构成上以YLDs为主，且均高于YLLs。时间上2004-2012年平均每年每家医院患病人数构成比呈逐年上升的趋势，空间上各地市患病人数构成比存在一定的地区差异，济南、济宁、泰安地区罕见疾病数量在住院病人构成比分别为8.72%、5.61%、2.53%，位居山东前三；沿海地区1.87%则低于内陆的2.33%；患病数量性别构成上女性52%，略高于男性；疾病年龄构成上，0-4岁年龄段所占比例最大为20.73%，儿童罕见疾病患者人群相对较高。各地市住院患病数存在空间自相关性，济南、临沂、济宁住院患病数高而周围的地区低。山东省东北部、西南部部分地区住院患病数处在较高的范围，烟台、青岛、潍坊、日照部分地区住院患病数较低，日照地区包含的低患病数范围最广。空间聚类分析共扫描出两个聚集区，最可能的聚集区包含9家医院，中心位于泰安市，半径为100.6千米，该聚集区内的患病数是其他地区的2.6倍（RR=2.60），差异有统计学意义。在青岛地区发现一个次要聚集区，仅有一家医院，患病情况高于其他地区，是其他地区的1.31倍，P<0.001，差异有统计学意义。结论：本研究通过欧盟疾病目录制定了含有4299种罕见疾病名称、1049个ICD-10编码的中英文对照的检索目录，利用该目录结合SQL Sever2008软件建立了罕见疾病数据提取、数据库建立、数据检索和数据汇总的一套适用罕见疾病流行病学数据调查研究的方法。将该方法运用于山东地区罕见疾病的流行病学研究，找到了933种罕见疾病，153,799例患者，其中先天性畸形、变形和染色体异常的病种数为389种、病例数55,516，占总住院病人中的8.2‰，占罕见疾病病例数的36.1%。数量较多的10种疾病分别为吉兰-巴雷综合征、葡萄胎[水泡状胎块]、埃文斯综合征、唇裂、腭裂、三叉神经痛、脊髓损伤、先兆子痫、先天性卵圆孔未闭、肛瘘。本研究利用泊松回归模型结合DisMod II疾病负担模型，通过已知变量推断未知变量，通过非全年龄段数据推断全年龄段数据，并完成了唇裂、腭裂、肾发育不良、唐氏综合征、脊柱裂、并指、多指、小耳、肛门直肠、无脑儿十种罕见疾病患病率的估计，利用该方法推断出的患病率分别为78.66/10万、94.33/10万、20.36/10万、6.06/10万、44.85/10万、19.89/10万、60.22/10万、13.66/10万、14.86/10万、3.18/10万，利用十种疾病的病例构成比及患病率来推断罕见疾病的患病数约为2,841,371。通过频数分析的方法，对住院病人中罕见疾病的种类和数量有一定的了解，通过时间分析、空间分析等方法描述了罕见疾病在山东地区三间分布特点（时间、空间、人群间），补充了山东地区罕见疾病流行病学研究的空白：济南、济宁、泰安地区罕见疾病数量在住院病人构成比分别为8.72%、5.61%、2.53%，位居山东前三；沿海地区1.87%则低于内陆的2.33%，患病数量性别构成上女性52%，略高于男性；疾病年龄构成上，0-4岁年龄段所占比例最大为20.73%；随着时间的增加罕见疾病的检出数量呈现递增趋势。通过空间地统分析的方法，从空间水平以颜色种类和深浅程度的变化，对全局和局部罕见疾病患病情况有了初步了解，找出罕见疾病的高发、低发和聚集区域：济南、济宁、临沂局部高发，东营局部低发；通过单纯空间扫描找到了以泰安和青岛为中心的两个聚集区，其中泰安聚集区涉及9个城市，相对危险度为2.6。对下一步罕见疾病病因学及影响因素的探究起了一定指导作用，对于哨点医院的选择有一定的参考。通过计算伤残寿命年指标，找出山东地区2011年唇裂、腭裂、脊柱裂、肾发育不良、唐氏综合征疾病负担分别为0.1419DALYs/千人、0.1678DALYs/千人、0.0443DALYs/千人、0.0152DALYs/千人和0.0885DALYs/千人。因残疾所致的健康寿命损失年的比早死所致的寿命损失年大，罕见疾病因残疾增加的疾病负担更严重。