本文研究对象“上海自贸区过境货物”的范围采宽于我国《海关法》规定的广义解释,即是指在上海自由贸易区内过境、转运和通运的货物。上海自贸区属于一国境内的自由贸易园区(FTZ),具有“一线放开,二线管住”的特征,是海关密切监管下的“境内关内”区域。对于临时过境货物的商标侵权问题而言,其特殊性主要体现在两方面：一是海关对商标的边境执法问题,二是商标侵权的认定及法律适用问题。上海自贸区内过境货物商标的监管,主要依据国内的海关法体系和商标法体系。对于过境货物是否构成商标侵权,争议点主要有二：第一,何为“商标使用”?在过境货物上使用的商标与已注册商标相同或近似,是否构成“商标使用”?第二,如何界定“导致混淆”?在过境货物上使用的商标与已注册商标近似,是否构成“导致混淆”?对此,欧盟侧重商标混淆理论在过境货.物商标侵权海关和法院认定中的运用,而美国的司法认定和执法标准相对简易宽松,对于过境货物的商标执法一律按照“进口货物”的相关规则进行管辖。自贸区商标保护法律制度是由立法、执法以及司法各环节构成的多层次、全方位法律体系。对于各环节进行完善和衔接,是提升自贸区商标保护法律制度实施效果的根本途径。探索自贸区过境货物商标保护法律制度,不仅立足于商标保护的微观层面,更应放眼整个自贸区知识产权制度的顶层设计。