伴随着全球经济一体化，越来越多外资企业的入驻，无疑给我国高新技术企业的发展带来了机遇和挑战。企业技术创新能力的提升离不开高效的研发活动，而目前国内的学者对于内、外资高新技术企业在研发活动中的异同性的相关研究较少。针对这种情况，本文将对内、外资高新技术企业研发投入和产出的关系进行比较研究。本文以国内外研发投入及产出的相关研究理论为借鉴，以国家高新技术产业开发区高新技术企业为研究对象，构建研发投入产出指标体系，对近45000家内、外资高新技术企业的研发投入产出现状进行比较分析。分别从总体内、外资企业、同一高技术行业下内、外资企业和不同高技术行业内、外资企业三个方面进行实证分析，包括单位投入产出量比较分析、研发投入产出回归分析，得到了一致性的结果。实证分析结果揭示，我国内、外资企业的研发投入和产出呈现以下三个特征：第一，在发明专利产出上，外资企业要优于内资企业；第二，在新产品销售收入方面，外资企业要优于内资企业；第三，内、外资企业研发投入对产出的贡献中，研发经费的贡献要大于研发人员的贡献。研究结果对我国内资企业加强专利保护、增加研发经费投入、改进企业技术创新机制和企业研发人员结构，进而增强竞争力有一定启示作用。本文虽然在研究中得到了一些有意义的结论，但仍存在一些不足。由于数据的限制，缺少对研发的时滞性及其他影响因素等方面的研究，同时指标选取也存在一定的局限性，今后伴随着研究的深入需要不断地完善和改进。