中国汉族人群散发性帕金森病易感基因GAK、FLJ43860、CD38、C18orf1、PRDM2、WNT9a外显子的高通量测序分析

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目的:对散发性帕金森病(Sporadic Parkinson’s disease, SPD)患者易感基因GAK、FLJ43860、CD38、C18orf1、PRDM2、WNT9a外显子进行高通量测序,寻找与SPD发病相关的碱基突变。方法:收集对照组50例,病例组50例,分析患者临床资料,抽取外周静脉血,提取DNA,行DNA浓度与光密度测定,设计易感基因外显子引物,合成引物,扩增易感基因外显子序列,高通量测序,数据结果分析,筛查病例组和对照组中微小突变(SNPs、微小缺失和微小插入)以及大片段的缺失/重复突变。病例组和对照组测序结果进行卡方检验,筛选出P<0.05的突变位点,将筛选出的突变位点进行SIFT分析及LOF分析。结果:①临床资料分析显示,病例组平均发病年龄(58.6±10.5)岁,40岁以前和80岁以后发病少见,男女发病比例1.1∶1;对照组平均年龄(59.1±11.3)岁,男女比例1.6:1;②测序发现病例组有37197个碱基突变位点,对照组有29780个碱基突变位点;③病例组和对照组测序发现的碱基突变位点进行卡方检验,P<0.05的位点有1888个,其中GAK有994个,FLJ43860有446个,CD38有77个,C18orf1有92个,PRDM2有78个,WNT9a有201个;④SIFT分析发现1888个位点中有64个可能对PD发病有危害,均为非同义突变,FLJ43860有9个,GAK有55个;⑤LOF分析发现1888个位点中有236个非同义突变位点,其中FLJ43860有82个,GAK有129个,C18orf1有25个。结论:SPD以中老年发病为主,男性居多,以静止性震颤、肌强直、运动迟缓和姿势步态异常为主要临床特点。外显子高通量测序筛查出GAK、FLJ43860、CD38、C18orf1、PRDM2、WNT9a六个基因中共有1888个突变位点。 SIFT分析发现64个位点突变可能对SPD发病有影响,LOF分析发现了236个非同义突变位点,但须进一步大样本验证分析。
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