随着世界遗产带给城市的经济和社会效益的增加，全国掀起“申遗热”。大运河作为2014年申遗项目，有其一定的独特性：是第一个全国共同申遗项目。杭州作为大运河联合申报世界遗产的城市之一，其独特的申遗地理位置和西湖的申遗成功案例，让杭州看到了大运河申遗所能带来的巨大效应。合理、科学、系统的遗产管理机构，是遗产保护与管理的重要实施者，是增强遗产价值，加快杭州经济发展，优化经济形态，提升杭州国际影响力的根本保障。纵观国外、国内，独立、健全的世界遗产管理机构是管理与保护世界遗产的重要手段。跨区域捆绑型管理机制、独立小政府型管理机制等管理架构的良好运作，为大运河（杭州段）遗产管理机构的建立提供了现实依据。现有大运河（杭州段）遗产管理机构由大运河（杭州段）申遗办公室组织变革而来。基于大运河（杭州段）遗产管理模式及架构所呈现的法制不健全、监管部门职能模糊、监管不到位、人员配置不合理和经费来源单一的现象，重点分析了其外在和内在原因，提出本文的建议。本文运用法律位阶理论，阐释《大运河（杭州段）遗产保护地方性条例出台的必要性与迫切性；结合地方性条例的颁布，融合西湖遗产监测中心的职能范畴，重新划分运河综保委遗产管理职能；采用“直线职能制”组织结构，结合运河综保委自身机构定位，合理优化遗产保护专职人员编制；运用公共财政与政府财政相关理论，提出遗产保护经费的合理来源与增值；采用行政法学的监督管理方式等理论，配合修订相关文物毁坏处罚条例，建成运河综保委管理、监督、执法为一体的执法形式，积极协调多部门联合执法，切实保护大运河（杭州段）遗产，同时运用新闻、杂志、数字传媒、布展宣教等形式，广泛开展宣传教育，提高公众的文物保护意识。本文采用调查法，收集大量申遗与后申遗时期运河综保委机构运作模式及进度，揭示大运河（杭州段）遗产管理的现状；采用案例法，对比澳大利亚大堡礁和杭州西湖两个典型案例，采用文献研究法，从所学理论出发深入分析大运河（杭州段）遗产管理现状的本质原因；采用经验总结法提出相关建议。本文的目的是根据现有模式存在的问题，采用适当的方法及时调整，优化大运河（杭州段）遗产管理的模式。