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玉米杂交种制种是保证大田生产用种和玉米单产水平的重要环节。然而在玉米制种中主要采用人工去雄来生产杂交种，在去雄期间不但成本增加而且也很难保证种子质量。因此选育不育系，进而利用不育系进行制种是玉米杂交种生产的经济而有效手段。本研究以玉米细胞质不育系cms-合344为供体亲本、辐63018为轮回亲本构建BC1F1和BC2F1群体。选用两亲本间多态性好的并覆盖玉米10条染色体的60个SSR标记进行轮回亲本的遗传背景进行分析，通过对遗传背景回复率的分析，探索适宜玉米不育系回交转育中利用分子标记辅助选择进行背景选择所适宜的SSR标记数目和选择的方式，以期望获得与轮回亲本相似度高的个体。主要研究结果如下：1、对表型性状进行统计分析，雄穗一级分枝在两亲本12个农艺性状上差异最明显；变异系数分析结果表明，BC1和BC2群体变异系数最大的均是秃尖长，最小的均是轴粗；相关分析表明，两群体中除个别性状之间没有相关性外，其它各性状间均呈现不同程度的相关性；两群体与轮回亲本相似度分析，在86株BC1群体中有20株与轮回亲本相似度较高，63株BC2群体中有29株与轮回亲本相似度较高。2、对两亲本进行多态性SSR标记分析，筛选出两亲本具有多态性的SSR标记60个，覆盖玉米基因组10条染色体，每个染色体上最少3个标记。3、用60个SSR标记对两群体遗传背景回复率分析，86株BC1群体背景回复率平均值为74.41%，最高单株达85%；63株BC2F1群体背景回复率平均值为87.36%，最高单株达97.5%；对总数150株BC1群体背景回复率平均值为74.17%，其中有1株遗传背景回复率超过87.5%，占分析群体总数的0.67%，150株BC2群体背景回复率平均值为86.48%，其中有12个单株遗传背景回复率超过93.75%，占分析群体总数的8%。4、表型选择与分子标记辅助选择差异比较，在86株BC1群体中，在背景回复率最高的23株中有9株来自农艺性状与轮回亲本相似度较高的株系，占39.13%。在63株BC2群体中，在背景回复率最高的14株中有8株来自农艺性状与轮回亲本相似度较高的株系。占57.14%。5、对两群体总数各150株进行不同标记数目分析，在BC1群体中使用40个标记所计算的背景回复率效果与总数60个标记计算背景回复率基本相同，相关系数达到0.96以上。在BC2群体中使用40个标记与总数60个标记所计算的背景回复率基本相同，相关系数达到0.95以上。