创新是我国五大发展理念之首，区域创新能力的高低直接关系到我国的创新型国家建设的进程。本文基于山东省与江苏省在全国创新能力方面的重要地位，对区位条件相似、经济发展水平相近的两省的区域创新能力却存在较大差异这一问题进行理论分析和实证分析。　　本文基于创新理论、国家创新系统理论、区域创新系统理论，结合国内外学者对区域创新能力的研究，界定了区域创新能力的概念。构建区域创新能力评价指标体系，测算并比较两省区域创新能力的总体状况和两省30个地市的区域创新能力。具体来说，本文选择影响区域创新能力的五个主要指标（创新知识创造、创新知识流动、企业技术创新、创新环境支撑和创新经济绩效）做为准则层，根据两省2005-2015年的面板数据，结合主成分分析法与回归分析法进行指标的删选，然后用加入时间序列的熵值法确定指标权重，对两省区域创新能力进行综合评分并且对比分析两省的综合得分，各准则层得分、各地市创新能力得分。通过测度两省的区域创新能力综合得分发现，江苏省在创新知识创造方面、创新知识流动方面、企业技术创新方面、创新绩效方面的得分高于山东省，山东省仅在社会环境支撑这一方面的得分高于江苏省。同时，测度两省的30个城市的创新能力，在此基础上进行聚类分析，将两省30个城市划分为创新领先型城市、创新追赶型城市、创新潜力型城市、创新后进型城市四种类型，通过分析每一类城市的特点以及各类城市所占的比重，发现山东省城市间的创新能力发展失衡:创新领先型城市缺乏，创新追赶型城市创新实力强但数量不足，创新潜力型城市的创新能力不均衡，创新后进型城市比重过大。　　最后，根据比较分析的结果，得到山东省与江苏省在创新投入方面、创新成果转化方面、创新基础方面以及山东省内部城市创新能力等方面的差距造成了山东省的总体区域创新能力落后于江苏省这一结果，进而提出增强山东省区域创新能力的对策建议。