科技是第一生产力,科技创新是国家经济社会可持续发展的动力源泉,而科研经费是知识生产、科技创新的基本条件和重要保障,是科研活动赖以进行的物质基础之一。随着我国教育事业的不断发展及规模的不断扩大,我国高校承担的科研项目和由项目带来的科研经费也呈现出大幅度增长的趋势。而高校科研经费管理水平直接制约着科研管理水平。因此正确认识加强高校科研经费管理的重要性、分析科研经费管理面临的问题,构建科学完整的科研经费管理模式,提高科研经费的使用效率,加强科研经费财务管理的有效措施,成为高校财务管理面临的新课题。本文不仅介绍了西方发达国家目前科研项目经费管理的模式,而且介绍并分析了我国现有高校纵向科研项目经费管理模式及我国对科研项目经费管理出台的相关法律和政策,并且通过自身实践、文献阅读、专家访谈、比较分析等方法对目前我国高校纵向科研项目经费管理模式在预算编制、预算执行、经费决算、绩效评价及管理监督中存在的主要问题进行深入分析,在查阅大量文献资料和与部分科研项目管理者进行讨论的基础上,引入委托代理关系、协调理论、全面预算管理理论及内部控制理论,结合自身工作实践,将信誉评级及动态调整、项目管理与科研经费管理一体化、分段审查监督管理、固定资产循环再利用等模式全面深入的嵌入到科研经费项目管理之中,提出了加强我国高校纵向科研项目经费管理的新模式。