2006年，国家税务总局在对金税工程增值税信息系统数据分析过程中发现，系统中存在大量增值税专用发票存根联滞留(以下简称“存根联滞留票”)信息。据调查了解，除因购货方为小规模纳税人、免征增值税企业或非增值税纳税人、购货方购进货物为固定资产或用于非应税项目、购货方在认证之前发生退货、销货方因未收到购货款将开具的专用发票没有交给购货方等正常原因造成增值税专用发票存根联大量滞留外，还存在购货方为了达到隐瞒销售收入的目的，对取得的专用发票不向税务机关申请认证抵扣进项税，导致增值税专用发票存根联大量滞留。但事实上，这种现象从新税制开始实行以来就由来已久，除了政策原因和稽核系统比对原因所造成的正常滞留现象之外，为隐匿销售收入人为放弃抵扣造成发票存根联滞留的非正常滞留是最主要的因素。这种现象一直以来未得到关注，透过这种现象究其深层次的原因，大致有三：一是税务部门长期以来对滞留现象的疏忽，二是增值税链条的断裂为企业提供逃税提供了方便之门，三是现金交易为企业做假账提供了生长土壤。税务部门长期来只重视企业多抵扣导致少申报销售现象，忽视了企业自动放弃抵扣背后的“体外循环”这一实质性的问题。本文就从这三个方面入手，提出相对应的对策建议，认为首先要完善对滞留发票现象的核查机制，建立长效的管理机制，防范企业通过故意放弃抵扣达到少申报销售收入目的的违法行为。二是对税制不完善问题提出了规范对小规模企业的管理，逐步缩小小规模纳税人的户数，在税制上确保增值税各环节的完整的建议，以及针对商品流通企业大量“无票销售”现象提出加强对普通发票使用和开具的监管等对策选择，三是大额现金交易，笔者认为应当从以下几个方面进行改善：一、完善政策以正秩序；二是开设个人结算账户；三是进一步完善银税联网，完善金税开票系统。