近年来,随着我国综合实力的提高、国家财政制度改革的逐渐深化,一般地仅仅审查真实性、合法性的财政收支审计已不符合我国目前的国情要求。我国政府推进以经济性目标、效率性目标和效果性目标作为审计目标而开展的政府绩效审计,有利于我国建立高效廉洁的政府、提高政府职能、增进政府与民众之间的信任度。然而,我国的绩效审计工作仍处在发展初期。文章以委托代理理论、新公共管理理论、绩效管理理论、公共产品理论和PDCA理论五个基本理论作为铺垫,运用了文献研究和案例分析的方法,结合S市具体的人才类专项资金绩效审计案例,进行了深入的探讨。首先,本文借鉴了国内外相关文献资料,详细解释了文章中运用到的专项资金绩效审计的相关的具体概念和理论基础;其次,通过分析我国专项资金绩效审计的现状,得出我国目前在该领域存在的问题,并从问题的根源出发分析问题发生的原因,从评价体系、人才培养、审计方法和公告制度四个方面提出完善对策;最后,选取近年来极具代表性的人才类专项资金作为研究对象,以S市为例进行研究,发现此次绩效审计项目中存在着滞后性、公告时间间隔长、方法传统和过程不规范的问题,对此作出成因分析,针对每个问题所存在的原因,对症下药,从立项环节、审计工作方式、审计方法和质量控制四个方面提出了完善S市人才类专项资金绩效审计的对策,是弥补当前我国绩效审计体系及相关法律制度欠缺的有效手段,同时对指导其他省份人才类专项资金的使用以及绩效审计项目具有重大意义。