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本文对自行采集和安徽农业大学森林菌物标本室（AAUF）的海南和江西省斑痣盘菌科标本进行分类研究和分子鉴定。对于该科的分类采用现代菌物分类技术，从形态解剖学、生理生态学、生物学和个体发育学等方面进行较全面系统的研究。随着现代分子技术的发展，在个体表型研究鉴定的基础上，本文以现代分子生物技术，基于ITS、28SrDNA序列以及二基因的结合序列分别构建斑痣盘菌科（Rhytsmataceae Chevall.）的系统发育树，探讨了该科属间、属内种间及种内的亲缘关系和遗传多样性。 以Darker（1976）、Cannon&Minter（1983，1986）、Johnston（1986）等人提出的分类系统原则为主要依据，对海南和江西两省斑痣盘菌科标本进行分类学研究，共查明齿裂菌属（Coccomyces）、特里尔盘菌属（Terriera）、散斑壳属（Lophodermium）、玛莎盘菌属（Marthamyces）、斑痣盘菌属（Rhytisma）、黑皮盘菌属（Meloderma）6属13个种，其中新种5个，包括山铜材齿裂菌（Coccomyces chuniae）、榕特里尔盘菌（Terriera fici）、长特里尔盘菌（T. elongata）、蔷薇特里尔盘菌（T. rosae）、稀疏特里尔盘菌（T. sparsa）；已知种8个，分别为粗丝齿裂菌（Coccomyces crassissimus）、中国齿裂菌（C. sinensis）、南方散斑壳（Lophodermium australe）、异枝散斑壳（L. heterocladum）、乔松散斑壳（L. pini-excelsae）、中国玛莎盘菌（Marthamyces chinensis）、德斯马泽黑皮盘菌（Meloderma desmazieri）和喜马斑痣盘菌（Rhytisma himalense）。对新种本文提供了形态学的宏观和微观图片、手绘点线图以及详细文字描述，寄主和生境的说明，并加以讨论；对中国已知种进行了形态学特征的简要描述和分析，并进行了补充性的研究。 采用CTAB法对供试菌株进行基因组DNA的提取、鉴定纯化并测序以及在GeBank中下载查找选取合适的序列，以柔膜菌目中的Leotiia lubrica（AY144561）为外群，分别建立ITS序列、28SrDNA序列以及ITS与28SrDNA结合序列的系统发育树。通过系统树分析可以看出：在斑痣盘菌科属间的系统发育关系中，区别斑痣盘菌科各属的最重要特征是子囊果形状及开口方式和子囊孢子的形状，而子囊果的埋生深度和侧丝的形态不是关键的区别特征；种间关系中，子囊果的埋生深度和外部形状及开口机制（有无唇细胞、拟缘丝等）、侧丝的特征（膨大，分支与否等）最为重要，寄主种类也是较重要的特征；在种内关系中，寄主种类（草本植物、针叶树和阔叶树）和子囊的形状（圆柱状、棍棒状、子囊顶端）、子囊孢子的形态都是重要的分类特征。但是，在分析的过程中也存在着不一致之处。 我们认为对于菌物的分类方法，不能仅仅采用单一的方法。而应该采用多性状的综合分析技术，对菌物的形态学、发育学、生理生化特性、遗传学以及分子生物学等特征进行全面的分析，获得更加合理与科学的分类研究结果。