在当今世界,科学研究的主力军是高等学校。高校科研活动对一国的人才、产业战略以及整个创新体系建设有着十分重要的支撑作用。对于高等学校的R&D活动,科技资源的投入产出效益是衡量其绩效的核心指标。由于诸多因素的影响,我国高校R&D活动存在着比较明显的区域不平衡现象,而从纵向上看,我国高校R&D活动总体绩效在最近十年间也体现出不规律的波动性。本文的主要目的便是从定量分析的角度对上述存在的差别进行研究。依据所得的最终研究结果希望提出有实践意义的对策和建议。本文的主要内容如下：6个方面(1)运用描述性统计对我国东部、中部、西部及东北部地区高校的科技人员、人均经费投入情况；人均科研成果产出情况(人均论文发表数、人均专著发表数、人均专利申请授权数以及人均技术转让合同金)进行分析比较。(2)运用C2R模型总体分析全国高校科技创新的相对总效率,再分析各个区域的高校科技创新的相对总效率,并对各个区域的高校科技创新效率进行比较分析；(3)用BC2模型分析比较各区域高校科研活动的规模效率和纯技术效率。(4)运用差量分析法分析BC2模型下非DEA有效的地区及区域并寻找导致非DEA有效的原因。(5)基于Malmquist指数法从动态的角度分析各区域高校科技创新效率,并进行比较研究。(6)运用DEA-Tobit两步法分析寻找出影响我国高校科技创新效率的重要的因素。本文得出的结论主要有以下5各方面：(1)我国高校科技创新的相对总效率存在差异性,其中东部地区相对总效率大于1的地区占东部地区50%,中、西部地区相对总效率大于1的地区占各自区域内部的66.7%；四个区域的相对总效率均未达到有效；高校科技创新效率的高低,与投入产出的总量并没有太大的关系,而与资源有没有得到合理的利用有关系。(2)从区域的角度看,我国四个区域的纯技术效率均未达到有效；在所研究的我国28各地区中,大部分地区处于规模报酬递增的阶段。(3)从区域的角度看各个区域非DEA有效都存在投入冗余以及产出不足的现象。各区域要合理的调整投入要素,引进先进的技术,改革管理方法及创新制度,以提高科技创新的投入产出效率。(4)我国各区域高校的科技创新效率存在差异性：2004-2012年,东、中部、东北部地区的高校科技创新效率是上升的,中部地区高校科技创新效率是下降的；从创新效率的提升的动力来看,我国各区域的高校科技创新效率增长动力存在差异,西部地区高校科技创新效率的提升动力来自于技术效率,而东部、中部地区高校科技创新效率的提升动力来自技术进步。东北部地区高校科技创新效率的提升动力则来自技术效率和技术进步。(5)从影响高校科技创新的因素来看,人力素质,政府财政投入以及区域高校数量对高校科技创新有正向影响。而人均GDP的高低对高校科技创新效率影响不大。为了促进各区域高校科技创新效率的全面提升,缩小各区域创新效率能力的差距,实现高校科技活动与我国社会进步、经济发展的良性互动,我国应该强化人才培训,注重人才培养；升级平台,提高创新质量。为了加快高校科研成果的转化,我们需要采取以市场为导向的政策。