自1912年熊彼得首次提出“创新”的概念以来，创新已成为区域经济发展的动力源泉。2006年我国提出建设“创新型国家”，先后又有20多个城市提出建设“创新型城市”，创新已成为国家乃至地区调整产业结构、转变经济增长方式的重要推动力。现有大量关于区域创新的研究大多集中在较大的空间层面，如国家、省份，且多为定性研究，定量研究较少，本文主要关注较小的空间层面—县域经济的创新产出的空间差异及其影响因素。　　本文以专利授权数作为区域创新产出的衡量指标，利用标准差、极差、基尼系数、全域及局域Moran’s I等指标，结合 ARCgis软件中的空间分析模块，对2003-2012年浙江省71个县域创新产出的空间差异演变进行分析，发现浙江省71个县域创新产出呈两极分化态势，以杭州市辖区及宁波市辖区为核心的浙东北为高创新产出地区，浙西南则分布着大量低创新产出地区，区域创新产出在空间上具有强烈的自相关性，区域创新集群模式演变说明了创新具有路径依赖性。实证结果发现，研发人员和研发经费投入是影响区域创新产出的关键因素，然而对于不同创新水平的地区，其对区域创新产出的贡献度不一样，如浙东北地区大部分的高创新产出县域，研发人员对区域创新产出的贡献度较大，而对浙西南地区的低创新产出县域，加大研发经费投入将在短时间内对区域创新产出提升有显著效果，外商直接投资对区域创新产出的影响也具有同样的现象，即对不同的地区其影响效果不同。　　此外，与传统的计量经济学方法不同，本文采用空间经济学模型，能有效考察知识溢出对区域创新产出的影响，实证结果发现在区域创新活动中，知识溢出是普遍存在的，这在一定程度上解释了区域创新产出在空间上的集聚趋势及集群模式——高创新产出地区与高创新产出相邻、低创新产出地区与低创新产出地区相邻，知识溢出效应对相邻区域创新产出的增长具有正向效应。因此，对不同创新水平的地区，应对创新要素投入各有侧重，根据各地区自身的创新水平采取不同的创新支持政策，同时还应对地区之间的科技合作交流、人才流动、知识溢出给予足够的重视。